Chỉ có một cây đinh trong con mắt đã nhổ đi rồi, từ đó Thuyết ở trong triều có thế lực oai quyền lấn trên đè dưới, muốn tác oai tác phúc gì cũng tự ý, không phải kiêng nể ai, cũng không ai can ngăn được nữa. Người ta nói hồi đó Thuyết oai nghiêm dữ dội đến nỗi đêm hôm ở trong thành, nhất là gần quanh bộ Binh là chỗ Thuyết ở, chó không dám sủa, con nít không dám khóc.
Nếu xét cho công bằng - cố nhiên theo nghĩa tương đối mà nói - Thuyết cũng là một bậc người, có tài chí đương thời, tính rất cang cường võ đoán, hễ đã nhất định làm việc gì thì cả quết theo đuổi làm đến cùng không kể gì là hay dở thành bại. Chính nhiều người Pháp cũng khen ngợi tấm lòng trung trực của Thuyết. Nếu như sau lúc chống cự rồi thất thế bại binh, Thuyết chịu ra hàng phục Bảo hộ, có lẽ cũng được Bảo hộ trọng đãi, chứ không như Tường đòn xóc hai đầu, vừa bị khinh bỉ, vừa bị đi đày kia đâu. Nói cho phải, người Pháp có độ lượng tử tế với kẻ cừu địch mình, ai biết cũng phải cảm động.

Nhưng Thuyết không có ý chịu khuất phục lúc nào.
Trước khi đối chiến với người Pháp, Thuyết hãy ra tay giết Đạo.

Ông A. Delvaux là người trong hội Ngoại quốc Truyền giáo tại Paris có thuật đầu đuôi chuyện Tôn Thất Thuyết giết đạo ở trong một tập báo “Đô thành hiếu cổ" hồi năm 1916 như vầy:

Cuối năm 1883, bọn văn thân vẫn truyền hịch kín đi các nơi, xúi ngầm nhân dân khuấy phá công việc điều đình tử tế của ông đại tá Henri Rivière và khuyên bảo nhau chớ có tin tưởng người ta cám dỗ ngon ngọt, cũng đừng thèm khuất thân đầu phục ai một cách hèn yếu. Đám quan quyền và sĩ phu nước Nam lúc này cố bưng bít che đậy những chỗ súc hèn thua trận của họ đi, mà đổ riệt tội lỗi cho dân theo đạo đã làm tay trong bán đứng quốc gia cho người Pháp. Làm gì người Pháp thì họ không làm nổi, bèn xoay ra mặt cừu thù sát hại dân Đạo gọi là quân nội công của người Pháp. Trong tờ hịch truyền khắp mọi nơi, có câu này: "họ trừ khử được quân tả đạo nội công đó, thì tự nhiên người Pháp thành ra trơ trọi yếu thế, như cua mất càng không bò không kẹp được nữa”. Lại có tờ hịch khác nói rằng hồi quân Pháp đánh thành Hà Nội chính người theo đạo Gia-tô đã bắc thang cho binh Pháp leo vào thành.
Một đoạn khác ông A. Delvaux chép:

Tháng 9/1883, văn thân ở Huế lại càng làm dữ. Triều đình nước Nam ngó thấy đất nước càng ngày thất thủ dần mòn, bèn âm thầm mưu tính đủ cách để ngăn trở công cuộc chinh phục của binh Pháp. Chủ mưu chính là Tôn Thất Thuyết, Binh bộ thượng thư và Nguyễn Văn Tường, Hộ bộ thượng thư, hai người này lấy oai quyền ép buộc tất cả triều thần phải khuất phục hai cái định kế của họ như vầy: Trước hết mật dụ văn thân khắp trong nước hẹn nhau cùng nổi lên, giết hết giáo dân, vì họ cho giáo dân là quân nội ứng, nhờ đấy quân Pháp mới xâm chiếm được nước Nam. Sau khi giết hết giáo dân rồi thì triều đình dời đi một nơi nào xa xôi hiểm trở, có thành trì kiên cố, địa thể quanh co, để binh Pháp không đánh tới nơi được. Tôn Thất Thuyết đã lựa chọn miền thượng du tỉnh Quảng Trị, một là Cam Lộ, hai là Tân Sở, lấy một chỗ để nay mai dời kinh đô triều đình lên đóng ở đó. Cái kế hoạch bàn tính như vậy, quả nhiên về sau Thuyết có thực hành nhiều ít.
Thuyết và Tường lại sai hai người thủ hạ thân tín là Hầu Chuyên và Phò mã Cát đi dạo khắp các làng xã trong hạt Thừa Thiên, chiêu mộ thêm quân lính, đặt ra một toán lính mới, gọi là lính đoạn kết có khí giới hẳn hoi và chỉ chuyên có một việc đi tróc nã sát hại những người theo đạo Thiên Chúa. Ngày đầu tháng 9 năm ấy, toán lính mới này chia nhau đi luông tuồng, lục lạo khắp tỉnh Thừa Thiên, sát hại dân đạo không biết bao nhiêu mà nói.
Tới một đoạn khác nữa:

Sáng ngày 29/11/1883, Thuyết tính sai lính đoạn kết đi tìm giết dân đạo ở chung quanh kinh thành. Hẹn rằng hễ nghe trong thành bắn lên một phát súng thần công làm hiệu lệnh, thì lính đoạn kết cứ việc thẳng tay chém giết, từ cố đạo đến con chiên, chẳng dung thứ ai. Nhưng Tường lo sợ rằng nếu mình làm dữ quá tất nhiên binh Pháp không nhịn, rồi hoá ra đánh nhau thật thì nguy hiểm cho mình; bởi vậy Tường khuyên can Thuyết hãy cố dè dặt, chớ táo bạo quá không nên.
Tuy vậy, mật lệnh truyền đi đã lỡ, thành ra những nhà có đạo ở chung quanh kinh thành, đã bị đồ đảng của Thuyết vây bọc sẵn sàng từ lúc trời chưa hừng sáng. Nhưng sau chờ đợi mãi không nghe hiệu súng thần công, nên chúng tản tác bỏ đi. Còn Hầu Chuyên thì đã đem lính từ chiều hôm trước, ra tay tàn phá chém giết dân đạo ở các làng phía nam Thừa Thiên rất là thảm khốc.
Rồi ngày 13/12/1883, lại có hịch của Văn thân truyền khắp dân gian xui giục người ta nên rèn đúc khí giới để trị tội “những nội công của binh Pháp”.

Họ định qua sang năm, 1884, từ mồng hai cho đến mồng 8 tháng giêng, khắp nơi lại hè nhau nổi lên giết đạo một chuyến nữa.

Nhưng sau triều đình nước Nam sợ làm tàn nhẫn quá thì việc giao thiệp với người Pháp thành ra trắc trở khó lòng chăng, cho nên lại vội vàng hạ lệnh cho các nơi phải thôi đi không được khuấy nhiễu sát hại dân đạo nữa. Tuy vậy mặc lòng, mấy nơi ở xa, chưa tiếp được lệnh mới này, văn thân cứ việc sát hại cố đạo và dân đạo nhiều lắm.

Cái phong trào nghịch thù chống cự người Pháp do Tôn Thất Thuyết xướng khởi và chủ trương đại khái như thế.

Nói cho ngay, nước mình từ hồi đang nói đây, các tướng lĩnh Pháp đối với triều đình nước Nam vốn có chủ tâm lấy chính sách ôn hoà để thâu phục lần hồi thong thả, chứ không muốn bức bách quá bằng binh lực nữa đâu. Việc nước đã đến lúc này rồi, cần có mấy tay ngoại giao cho giỏi thì có lợi cho nước hơn là có Tôn Thất Thuyết.
Tại Thuyết chủ trương xui giục triều đình làm những việc khinh thường hoà ước và tàn sát giáo dân thế kia, gây nên tội nghiệp cho mấy viên gạch Thuận An bể nát, mà các cụ lớn cụ nhỏ trong triều hoảng vía kinh hồn: một đoàn 5 chiếc tàu binh Pháp cực chẳng đã phái kéo tới bắn phá cửa Thuận, diễu võ dương oai.
Bao nhiêu đồn to luỹ lớn ở đây, vừa mới xây thêm có, sửa cũ có, triều đình tưởng là vững bền vô địch chẳng dè chỉ trong có hai đêm ngày, đều bị bắn phá đỗ nát tan tành; nào quân, nào tướng, nào ngựa, nào voi, chết thôi ngổn ngang, chạy thôi té đái. Rất đỗi có một chiếc tàu trận của nước Pháp tặng cho triều đình ta hồi nào chỉ để nằm mốc meo ở cửa Thuận, không biết lợi dụng mới thảm!

Triều đình sợ cuống quýt với nhau, tính chỉ có một cách lại vòng tay xin hoà, bèn sai Nguyễn Trọng Hiệp và Trần Đình Túc ra tận cửa Thuận, năn nỉ cầu hoà với Thuỷ sư Đô đốc Courbet và ông Harmand. Tướng lĩnh Pháp lại rộng lượng cho hoà, thế mà Tôn Thất Thuyết chưa chịu biết sức mình, vẫn một mực lộng quyền, tự đắc.

Giữa lúc trong nước có những việc ngược sát giáo dân, và ở trước cửa kinh thành có việc Thuận An thảm bại như vậy, triều đình lại xảy ra một việc nội biến gớm ghê: vua Hiệp Hoà bị Tôn Thất Thuyết giết chết.
Vua Hiệp Hoà tuy ở ngôi vua, nhưng không biết gì đến công việc nhà nước, tối ngày chỉ quanh quẩn vui thú với mấy ả cung nữ mỹ miều, lại lấy của kho ra xài phá, sửa sang cung điện riêng ở Kim Luông. Đang lúc nhà nước có việc hoạn nạn nguy vong tứ phía, dân gian khổ sở trăm bề, mà có ông vua ham vui ích kỷ như thế, cũng là vận số quốc gia đến lúc bại vong xui khiến ra vậy.

Phải biết Tôn Thất Thuyết lập vua Hiệp Hoà lên, chẳng qua như là tô một pho tượng trong chùa để cho dân có chỗ thắp nhang vái lạy, thế thôi; còn quyền bính ở trong tay Thuyết và Tường cả. Hai người quyền thần bảo thế nào thì vua Hiệp Hoà phải nghe như thế. Vua chỉ có việc "gật đầu” mà thôi.
Vua Hiệp Hoà bị đè đầu đề cổ quá sức, cũng có ý tức mình, bèn mưu với bọn cận thần giết Tường và Thuyết. Ngài cũng khôn lắm, biết hai ông ấy thân mật với nhau, nay nếu trừ được một đi, còn một thì cũng không làm được việc gì và có trừ đi nốt cũng dễ; mà ngài lại khôn hơn nữa, là muốn mượn tay ông nọ để trừ ông kia. Trước hết ngài muốn làm cho hai ông ngờ vực ghen ghét lẫn nhau, mới triệu riêng ông Tường vào trong điện mà khen ngợi công lao ngỏ ý rằng nếu chịu giết ông Thuyết đi thì sẽ phong thưởng thế này thế khác. Vô phúc cho ngài, ông Tường không chịu. Ngài mới cầu ông Khâm sứ đóng ở Huế hồi đó là ông Champeaux. Lại vô phúc cho ngài: ông Tường biết chuyện. Ngài sai người đem mật thư cho ông Champeaux tán tụng người Pháp, và năn nỉ ông Champeaux làm thế nào vì ngài mà trừ hai kẻ quyền thần ấy đi kẻo ngài làm vua như vậy cực khổ lắm. Ông Tường bắt được, có bảy hôm thì vua Kiến Phúc thuận cho 100 lính Pháp, một trăm chứ không được hơn, vào đóng tại Mang Cá, quân Pháp kéo vào đóng ngay.

Vua Kiến Phúc làm việc ấy, ông Thuyết với ông Tường giận lắm, vì hai ông đang rắp đánh người Pháp, mà Mang Cá là chỗ hiểm yếu trong kinh thành, có quan hệ về đường võ dị nhiều lắm; nay quân Pháp đến đóng ở đó, không khác gì chẹn giữ cổ mình. Thế rồi vua Kiến Phúc tự nhiên chết. Người ta nói rằng chính tay ông Tường giết. Hình như mấy hôm đó vua Kiến Phúc bị cảm, ông Tường vào thỉnh an, tâu là có biết làm thuốc, xin để cho bốc một thang. Thang thuốc ấy tức là thanh kiếm của ông Tường giết vua: vua ngự chén thuốc ấy rồi mất, vì trong có bỏ thuốc độc.

Ngày 1/8/1884, hai ông tôn em ruột vua Kiến Phúc là ông Lịch lên làm vua, kỷ nguyên Hàm Nghi.
Nhưng ông Khâm sứ Pháp thử thời là ông Rheinart không chịu công nhận. Ông Thuyết sai đóng hết cả cửa thành lại, tỏ ý rằng nhận hay không nhận ông cũng không cần. Sang nửa tháng sau, quân Pháp đến thị uy đông quá, ông Thuyết phải mở cửa thành, để vua Hàm Nghi tiếp Khâm sứ Pháp tại điện Cần Chánh. Bản điều ước hai nước Pháp Việt ký từ bao lâu, mà chưa thi hành, thì nay đem ra thi hành. Cuộc bảo hộ thành lập.