Lúc bấy giờ sáu tỉnh Nam kỳ nhượng đứt rồi, quan Pháp đang hoạt động ở Bắc kỳ và sắp can thiệp đến Kinh đô Huế.
Thoạt tiên, Pháp can thiệp đến kinh đô là đánh Đà Nẵng, phá cửa Thuận An, rồi yêu cầu đặt Khâm sứ.

Chiếu theo điều ước ký tháng 3/1874, nước Pháp có quyền đặt một ông Khâm sứ tại kinh đô Huế để giao thiệp với triều đình ta. Nước Pháp đã chiếm đất Nam kỳ và đã đánh phá hầu hết Bắc kỳ rồi, còn một đất Trung kỳ tha gì mà chẳng lấy nốt, duy còn muốn nhân nhượng cho triều đình ta đôi chút, tức là cách "tiên lễ hậu binh", chờ lúc nào triều đình ta ra mặt không cự thì bấy giờ Pháp mới dùng đến võ lực.
Vậy ông Khâm sứ đến đóng ở Huế trước hết là ông Rheinart (1875).
Ông Khâm sứ đến đóng ở Huế tức là một người thay mặt nước Pháp để thi hành điều ước với triều đình ta. Nhưng triều đình ta có coi điều ước ra cái quái gì; bất quá lúc bị thua trận, thì cũng nhắm mắt ký tên để làm kế hoãn binh mà thôi; vua quan mình bấy giờ xem điều ước chẳng khác tờ giấy lộn và khoản kia khoản nọ như câu nói trò đùa gì vậy. Vì thế, ông Khâm sứ nào đến rồi cũng chán nản. Ông Rheinart đến đóng ít lâu bỏ đi, ông Philastre tới thay (1878). Ông này cả ngày chỉ ham đọc sách bói toán, và chơi với ông Nguyễn Văn Tường rất thân. Sau chính phủ Pháp thấy triều đình ta không giữ lời hứa chút nào, tưởng rằng ông Philastre không đủ sức nghiêm ngặt để bắt buộc triều đình Huế phải tôn trọng điều ước, nên tháng 7/1879 lại phái ông Rheinart tới thay một lần nữa.
Trong hồi đó, giữa triều đình ta và toà Khâm sứ có xảy ra nhiều việc lôi thôi khó khăn; nào là vua quan ta miệt thị ông Khâm sứ, nào là ngược đãi những người Pháp ở Huế, nào là giết đạo... làm cho người Pháp khó chịu, tức mình, nhưng đó cũng kể là những việc nhỏ, duy có việc trái với điều ước, khiến cho người Pháp bất bình lắm, ấy là việc vua Tự Đức lại sai sứ sang triều cống nước Tàu.
Thật vậy, khoảng năm 1880, vua Tự Đức sai sứ thần đem đồ phương vật sang triều cống vua Thanh nước Tàu và xin Tàu cứu giúp, trong ý vua quan ta tưởng rằng vua Thanh nước Tàu lúc bấy giờ đủ sức chống cự nước Pháp mà cứu viện cho nước Nam mình được.

Chính phủ Pháp thấy vậy, nghi ông Rheinart làm không trọn trách nhiệm, là tại ông không biết tiếng Nam và phong tục người Nam, cho nên trong sự giao thiệp có nhiều điều ngăn trở hay là không rành. Rồi chính phủ Pháp cử ông Champeaux đến thay làm Khâm sứ. Ông Champeaux là người thạo tiếng Việt nam và hiểu thấu tính tình phong tục của người mình lắm. Nhưng khốn thay triều đình mình, dù ông khâm sứ nào tới mặc lòng, cũng gây sự lôi thôi với người ta. Rốt cuộc đến ông Champeaux cũng phải đi, rồi ông Rheinart lại tới Huế nữa.

Đến năm 1882 trở đi, công cuộc giao thiệp giữa hai nước càng thêm rắc rối, có nhiều chỗ không thể nói được nữa. Thứ nhất là khi nghe cái tin quân Pháp hạ mất thành Hà Nội rồi, triều đình và bọn văn thân càng lấy làm uất ức, vì thấy đất các thành trì của mình cứ mất lần mòn một cách nhục nhã như vậy, thành ra bấy giờ không muốn hoà nữa. Tuy mình không có binh lực và khí giới, nhưng ai nấy đều hăng hái muốn liều chết mà đánh nhau rồi ra thế nào thì ra. Thấy lòng người phẫn khích như thế, nên chi ông Tôn Thất Thuyết - khi ấy làm Binh bộ thượng thư, có binh quyền trong tay lớn lắm - mới ngầm lén dự bị để chống cự binh Pháp. Ông sai cắm cừ ở sông Hương để ngăn giới hạn bên toà Sứ và bên Hoàng thành; lại xây đồn, đắp luỹ ở cửa Thuận An, để phòng giữ mặt biển và luyện tập binh lính cả ngày, chờ dịp cùng quân Pháp khai chiến. Vì thấy tình thế mỗi ngày càng thêm rắc rối không xong như vậy, cho nên đầu năm 1883, ông Rheinart bỏ Huế mà vô Sài Gòn. Ấy là cái triệu hai nước sắp sinh sự với nhau đó.

Vua Tự Đức vốn là một bậc vua anh minh, chỉ tiếc vì ngài ở chốn thâm cung, không hiểu chi về thời thế thiên hạ, mà các quan phò tá cận thần đều là hạng hủ nho cố chấp, không rành việc đời việc nước, không hề tri kỷ tri bỉ chút nào. Sự thật, chính vua Tự Đức không phải là người có tính cố chấp. Ngài cũng biết thứ chi thích dùng thì dùng, dầu thứ đó là đồ chế tạo của nước Pháp là nước đang cừu địch với ngài cũng vậy, chứ không phải như mấy ông hủ nho ta đời ấy, bất cứ thấy cái gì của Tây là cũng làm bộ không dùng. Một việc này làm chứng cớ rằng vua Tự Đức không có tính cố chấp. Ngài ham thích đi săn bắn. Tháng nào ngài cũng đi bắn đôi ba lần, và mỗi lần đi bắn đều được vịt trời và hươu nai, cho nên ngài đã có tiếng là ông vua tài bắn. Thường khi ngài đi bắn như thế hay đem theo mấy khẩu súng và đi đôi giày bằng cao-su đen của tây chế ra để lội xuống ruộng cho dễ. Xem vậy thì ngài có đạt quan lắm, không ghét bỏ chi những đồ thích dùng, dầu cho là của địch quốc.

Ngài hay chữ và coi việc triều chính rất siêng năng. Cả ngày ngự ở điện Cần Chánh làm việc, không lấy làm mỏi mệt. Lại có tính tình giản dị, những lúc ngồi làm việc cặm cụi, chỉ có hai con cung nữ đứng hầu để dâng trà và châm thuốc; làm việc lâu lâu mệt mỏi thì đứng dậy ra chỗ để đầu hồ chơi ít bàn làm vui. Nói tóm lại, sau vua Gia Long là vua anh hùng, đến vua Tự Đức có thể gọi là vua minh triết. Nếu như gặp được nhiều đại thần phụ chính là hạng thức thời và có trí, vẽ cho ngài về việc thời thế hoạ phúc, chỉ dẫn giúp đỡ ngài trong việc cải cách duy tân, thì có lẽ nước Pháp đã sẵn lòng giúp sức cho ngài có thể làm vua Minh trị nước Nhật bản, mà dân mình dẫu có kém hèn đi nữa, cũng tiến tới, sớm hơn ít chục năm, có thua ai cũng không đến nỗi thua sút cho lắm. Đáng tiếc thay, những người ở bên tả hữu nhà vua lúc bấy giờ, đều là hạng tư tưởng cũ rích, thời thế mịt mù, họ gặp buổi vận hội gian nan, quốc sự nguy biến là thế, mà vẫn cố chấp mơ màng không chịu tỉnh ngộ. Chính họ đã dối vua hại nước chứ ai. Một viên đại tướng Pháp hồi đó là ông Le Myre de Villers, viết thư dâng vua Tự Đức có câu rằng: “Bọn tả hữu của Hoàng thượng làm cho Hoàng thượng sai làm việc nước", là một câu nói tóm tắt được cả tình hình triều chính nước ta hồi đó vậy.

Phải, chính các cụ đại thần dối vua hại nước đáo để.

Nước ta lúc bấy giờ, trong dân gian nảy ra lắm người thức thời hữu chí, lần mò vào kinh đô dâng sớ cải cách, một hai bày tỏ, tâu xin nhà vua mau mau sửa đổi theo Âu Mỹ, thì quốc vận còn có thể vãn hồi được. Nhưng chí sĩ nào cũng bị các cụ triều thần làm "kỳ đà cản mũi" còn kiếm cách hãm hại người ta là khác. Những lúc ông Nguyễn Trường Tộ tâu xin cải cách theo như Âu châu và ông Bùi Viện tâu xin thông thương với nước Mỹ, vua Tự Đức họp đình thần lại giao cho bàn xét thi hành, vì tự ngài không muốn độc đoán. Nhưng các cụ đình thần chỉ sợ người khách tranh công cướp vị của mình, nên chỉ ra sức cản trở nhà vua về việc lo toan cải cách. Những chí sĩ đương thời như ông Tộ, ông Viện muốn thấy tổ quốc mình duy tân đã không được thấy, lại còn mang lấy cái hoạ sát thân vào mình nữa. Rất đỗi giữa khi quân Pháp đang đánh dẹp tứ tung ở Bắc hà, đi đến đâu là đánh được ở đó, có thể mau lẹ dễ dàng như chém cây khô, mà ở trong trào, các cụ có trọng trách quốc gia, chẳng ai có một mưu chước gì để giúp vua cứu nước, chỉ tin cậy vào học thuật Khổng, Mạnh, trông mong vào sự cứu giúp của nước Tàu là một nước cũng đang suy vi nát bét như tương. Thật thế, nước Tàu hồi đó, đang như con cá nằm trên thớt, chịu để cho liệt cường Âu Mỹ chặt năm xé ba chia nhau, chính mình lo bề tự cứu còn không xong, có hơi sức tài giỏi gì cứu ai cho được. Chẳng qua có bọn Cờ đen, là bọn giặc cỏ ở bên Tàu, chạy tràn sang đất Bắc ta, thế mà vua trông cậy vào bọn chúng để chống cự với binh Pháp hùng cường mới kỳ, khiến cho chúng thừa dịp phá hại dân ta rất là khổ sở. Cũng chính các cụ triều thần hủ bại xui giục nhà vua hạ chỉ giết hại giáo sĩ và giáo dân, lại càng gây thêm oán thêm thù ra với người Pháp nữa. Lời của ông Le Myre de Villers đã nói trên kia là phải lắm.
Kẻ cho biết cái tình cảnh khó khăn của vua Tự Đức hồi bấy giờ, ai cũng ái ngại cho ngài; trên thì có đức bà Từ dụ Thái hậu cấm đoán, dưới thì có quần thần trở ngăn trong mọi công việc, thành ra quốc gia đại sự, ngài bị trên ngăn, dưới cản, không thể chủ trương quyết đoán ra thế nào được cả.

Tệ nhất là trong triều có bọn quyền thần.
Đối với việc Pháp Việt giao thiệp hồi ấy, trong triều chia ra làm hai đảng: một đảng chủ hoà, một đảng chủ đánh. Đảng chủ hoà yếu, đảng chủ đánh mạnh. Đảng chủ hoà thì đã cố nhiên rồi, còn đảng chủ đánh cũng chỉ vu vơ, mơ màng, chẳng có thực lực mà cũng chẳng trông cậy vào đâu chắc chắn; bất quá ngoài thì trông nhờ giặc Cờ đen, trong thì trông vào một cửa bể Thuận An, và một vạn quân cấm vệ, súng đạn lương thực tích trữ được một năm, tưởng đâu như thế là đủ chống với quân Pháp rồi. Đầu đảng chủ đánh là ông Nguyễn Văn Tường và ông Tôn Thất Thuyết.
Ấy, mỗi đảng có một cái chủ kiến khác, thành ra xung đột nhau.

Hồi tháng 5/1883, việc trong nước đang rối bét như thế, mà triều đình ta còn bày ra lễ "Phất thức" tức là một lễ lau chùi những ấn tín của nhà vua, trong dịp vui mừng. Nào có gì đáng mừng đâu, chỉ nghe có tin ông Đại tá Henri Rivière đã chết, và quân Pháp đã rút ra ngoài thành Hà Nội, thế mà triều đình coi như thắng trận lớn lắm, nên mới làm lễ Phất thức để ăn mừng vậy.

Ông Thượng thư Trần Tiễn Thành - cũng là một vị trọng thần ở trong triều và thuộc về đảng chủ hoà - thấy vậy tranh biện với ông Thuyết giữa triều đình rất dữ. Ông nói rằng: "Bày đặt làm lễ này làm chi vô ích. Tôi đây là con lai khách (Ông Trần Tiễn Thành người Minh Hương) mà tôi không dám tin rằng người Tàu có thể địch với quân Pháp được”. Ông Tôn Thất Thuyết mắng giữa mặt rằng: “Ông là khách mà ông khinh bỉ đồng bào của ông, rõ đồ vô sỉ”.

Ông Tôn Thất Thuyết là quyền thần hồi bấy giờ; ở trong triều, ông không còn kiêng nể ai hết, nhân thế mà gây ra bao nhiêu chuyện sau này.
Nhất là cuộc phế lập liên tiếp, sau khi vua Tự Đức thăng hà.
Vua Tự Đức hiếm hoi, không có con trai. Ngài có nuôi ba người con của hai ông anh em ngài là Thoại thái vương và Kiên thái vương làm con nuôi.
Khi lâm chung, ngài triệu ba ông Tôn Thất Thuyết, Nguyễn Văn Tường và Trần Tiễn Thành tới dặn dò việc lớn nhà nước, và di chiếu lập người con nuôi lớn là ông Dực Đức (con Thoại thái vương) lên làm vua. Ngài nói rằng: "Việc lớn nhà nước phó thác cho ba khanh hãy tận trung tận lực, đừng có phụ lòng trẫm tin cậy". Ngài vừa thở vừa nói câu ấy đứt nối từng tiếng, mà hai hàng nước mắt ứa ra.
Ba ông cùng khóc phụng chiếu.
Vua Tự Đức thăng hà. Ngày ấy là ngày 19/7/1883 (ngày 16 tháng 6 năm Quý mùi).
Nhưng sau khi vua Tự Đức nằm xuống rồi, thì ông Thuyết và ông Tường hùa nhau khuấy rối việc nước, hết sức lộng quyền, độc ác.

Trước hết là các ông ấy bỏ ông Dục Đức.

Khi vua Tự Đức thảo tờ di chiếu lập ông Dục Đức, và trao cho ba ông Thuyết, Tường và Trần Tiễn Thành làm Phụ chính đại thần, trong có hớ một câu, khiến cho ông Thuyết và ông Tường vịn lấy câu đó làm cớ mà giết ông Dục Đức và lập ông khác được. Nguyên trong tờ di chiếu ấy có câu rằng: "Ông Dục Đức hãy còn trẻ tuổi, mà phóng đãng vô đạo, đáng lẽ không lập, nhưng vì không có tự quân, cho nên phải lập"...
Đến lúc các ông ấy họp đình thần để bàn và cử, ông Trần Tiễn Thành đứng lên tuyên đọc tờ di chiếu, ông Trần Tiễn Thành tự nghĩ nếu mình đọc rõ câu kia ra, thì có hại đến danh dự của ông Dục Đức là vua sắp lên ngôi, cho nên đến câu: "Ông Dục Đức hãy còn trẻ tuổi mà phóng đãng vô đạo, đáng lẽ không lập, nhưng...” thì ông đọc nhỏ tiếng. Câu ấy là câu cốt tử để cho ông Thuyết làm việc phế lập, nay đọc nhỏ tiếng đi sao được? Ông mắng ông Trần Tiễn Thành khi mạn đình thần, cho là vào bè với ông Dục Đức, bèn sai ông Nguyễn Trọng Hợp tuyên đọc tờ di chiếu ấy to tiếng lên.
Ông Nguyễn Trọng Hợp đọc xong, ông Thuyết đứng dậy nói rằng: “Như vậy thì không thể lập được ông Dục Đức, mà phải lập ông khác, vì theo trong di chiếu ông Dục Đức là người phóng đãng vô đạo không xứng đáng làm vua".
Trong bụng hai ông Thuyết và Tường bấy giờ đã định lập ông Văn lãng công tên là Hương Dật, vì nghe như ông Văn lãng công đã có vận động với hai ông nọ rồi. Vì thế sau khi vua Tự Đức mất, ông Thuyết xoay ra mặt phế lập ngay, song còn lo triều thần có ai phản đối lại chăng, cho nên ông phải lấy oai hiếp phục. Lúc ấy binh quyền trong tay ông nắm, thành ra động việc gì ông cũng giơ võ lực ra. Nội triều, trừ ông Trần Tiễn Thành và một vài ông nữa, còn thì đều là thủ túc của ông; vì sợ khiếp oai võ của ông, nên không ai dám trái ý.
Ngay bữa hợp đình thần để quyết nghị việc bỏ ông Dục Đức và tôn ông Văn lãng công, ông Tôn Thất Thuyết đem 300 cấm binh (lính trong cung cấm) ra dàn ở trước triều để thị oai, và dặn chúng rằng: "Nếu ai dám ho he nói gì, thì cứ xem cái ám hiệu của ta, bảo làm thế nào thì cứ thế mà làm". Hễ ông vỗ tay xuống bàn một cái, thì trói lại; hể ông vỗ tay xuống bàn một cái rồi giơ tay lên một cái là chém.
Ông làm dữ như thế thì còn ai dám nói? Từ các cụ đại thần cho đến các thuộc quan đều ngồi thủ tay vào bọc, ngậm miệng như hến cả.
Thế mà có một ông quan nhỏ dám nói.
Người ấy là quan Ngự sử Phan Đình Phùng.
Lúc ở giữa triều đình, thấy Tôn Thất Thuyết trở mặt chuyên quyền, tính bỏ vua nọ lập vua kia như thế, cụ Phan tức giận, đứng lên toan nói, nhưng các bạn đồng liêu nhút nhát của cụ sợ thay cho cụ nên họ ở phía sau níu áo lại, ra hiệu bảo cụ đừng nói cương trực mà chết.
Cụ Phan giật mạnh quá, đứt ngang thân áo đai trào, rồi hầm hầm nói lớn tiếng với Tôn Thất Thuyết:
- Đức tiên hoàng vừa mới nhắm mắt, mà ngài đã làm việc trái nghịch di chiếu như thế, thật không còn đạo nghĩa nhân thần một chút nào. Bây giờ triều đình tất tuân theo di chiếu mà lập ngài Dục Đức lên ngôi mới được. Huống chi tân quân chưa có lỗi gì, chưa chi đã làm việc phế lập như ngài định làm càn rỡ đó sao cho lẽ phải?

Sẵn cơn thịnh nộ, cụ Phan còn mắng nhiếc Tôn Thất Thuyết nhiều điều nặng nề nữa.

Tôn Thất Thuyết căm giận tái mặt tím gan, nhưng bề ngoài ông chỉ cười lạt. Giận là thế thường; cười lạt được như vậy mới thật là hiểm sâu.
Trong khi cụ Phan đang nói chưa dứt lời, Tôn Thất Thuyết vỗ bàn một cái thật mạnh rồi đưa tay cao lên để ra hiệu. Bọn cấm binh ngó thấy, liền xông vào lôi cụ Phan ra toan chém ngay. Nhưng Thuyết chợt nghĩ lại sao đó không biết, liền ra lệnh cho cấm binh dẫn cụ Phan giam lại trong ngục, để sau sẽ xử. Cả triều đình thấy vậy hoảng hồn hết vía, còn ai dám hé môi nữa đâu.
Thế rồi Tôn Thất Thuyết lập ngay ông Văn lãng công lên làm vua, kỷ nguyên Hiệp Hoà. Ngày đó là ngày 30/7/1883. Còn ông Dục Đức thì Thuyết giam trong ngục tối, mỗi bữa chỉ cho ăn một nắm cơm, mà không cho uống nước. Rồi mấy ngày sau, Thuyết không cho ăn miếng gì, ông Dục Đức chết đói trong ngục.

Đến cụ Phan thì sau mười ngày, Thuyết thả ra, nhưng cách tuột hết chức vị. Cụ chỉ còn nguyên cái danh vị tiến sĩ của mình mà thôi.
Cụ Phan thấy triều chính lăng loàn, quyền thần hống hách, bên ngoài thì cường địch ngày càng tấn tới, thời thế càng ngày càng đảo điên, chính là một buổi đời loạn nước nguy, tự nghĩ người nhân nhân quân tử nếu không làm gì bổ cứu được thì cũng phải giữ mình trong sạch khôn khéo lắm mới khỏi ô danh, khỏi bị hoạ. Bởi vậy, sau khi như miếng mồi được thả ra rồi, cụ nghĩ chốn kinh thành không thể ở nấn ná được, vì sợ nửa chừng Tôn Thất Thuyết hối hận lại bắt giam hay là hại ngầm biết đâu, nên cụ phải mau mau thoát thân đào nạn. Liền bữa sau giả cớ đi chơi, rồi lên đường trở về cố quận, lo cày cấy năm ba mẫu ruộng ở khoảng Châu giang Mặc lĩnh để di dưỡng tháng ngày, đợi xem thời cuộc.

Nhưng mà lẽ thường xưa nay, trời sắp muốn giao phó một việc lớn lao hệ trọng cho ai, bao giờ trước hết cũng dày vò hành hạ người ấy phải đói khát khổ sở, gặp toàn những bước khốn đốn hiểm nguy, điên đầu rối trí, thật là não nề chê chán đã sẽ hay.
Thân thế cụ Phan ở trong cảnh đó.

Bao nhiêu bước nguy, nỗi khổ cụ gặp phải lúc này, hình như ông trời chủ ý dày vò đáo để trước khi thời thế sắp giao phó việc khó khăn hệ trọng cho cụ phải gánh vác vậy.

Đó là việc sau.
Bây giờ chúng ta hãy nên theo đuổi cho hết công việc rối loạn trong triều, vì là việc này đối với phong trào văn thân do cụ Phan chủ trương nay mai vẫn có dính dấp nhân quả với nhau.

Xong việc phế ông Dục Đức, lập vua Hiệp Hoà rồi, Tôn Thất Thuyết tính ngay đến việc chống cự binh Pháp. Vì lão tưởng đâu tài năng của lão và binh lực nước ta lúc bấy giờ có thể làm việc lấp biển vá trời đó được.

Nói cho phải, lúc ấy người đồng chí của Thuyết ở trong triều cũng đông. Ngoài ra những bậc đại thần Nguyễn Văn Tường, võ tướng như Trần Xuân Soạn, Ông Ích Khiêm, Thuyết có tay trong rất nhiều người là bộ hạ, là phe đảng, là vây cánh, ai nấy đều hăm hở hiến thân liều mạng chống đỡ non sông. Trái lại duy có một mình ông Trần Tiễn Thành phản đối ra mặt, ông nói rằng người Pháp hùng cường thế kia, thà mình chịu khuất phục trước đi còn hơn, bày đặt chống cự làm chi thêm hư hại việc nước và chết oan mạng dân một cách vô ích.
Thuyết tức giận đỏ mặt, giữa triều mắng nhiếc Trần Tiễn Thành là mật chuột, còn sống ở đời làm chi?
Hôm sau Thuyết sai hai tay lực sĩ đến tận nhà riêng của Trần Tiễn Thành ở xóm Đông Ba, nói gạt rằng có chiếu mạng khẩn cấp; Trần Tiễn Thành tưởng thật, vừa ở trên lầu bước xuống bị chém chết tươi.