Sau lúc làng Đông Thái bị phá, Phan phải kéo tàn quân lên đóng ở hai hạt Hương Sơn, Hương Khê; lại sau lúc ở Hương Sơn, Hương Khê thất bại nữa, cụ chạy ra ngoài Bắc, có nhiều người cho thế là việc lớn hư hỏng tan tành mất rồi. Cụ chạy, thế là cuộc phản đối tiêu hết! Nhưng mà nó chưa tiêu hết đâu.
Sự thật, trước khi bước chân lên đường ra đi Bắc hà, Phan có định sẵn hai cái chủ kiến, hai cái cơ mưu, thế nào rồi cũng thực hành được một. Hoặc là hiệu triệu anh em kiện nhi chí sĩ ở Bắc hà nổi lên để gây nên thinh thế tương ông với cụ ở đàng trong và chia bớt cái mãnh lực của binh lính Bảo hộ đi; hoặc là trông mong tin cậy một người anh tài được cụ thanh nhãn là Cao Thắng tướng quân, ở nhà có thể gom góp sức tàn, rồi lại đánh trống mở cờ, quật cường phen nữa.
Vả chăng, có xét kỹ cái tình thế của cụ hồi bấy giờ, mới biết là không thể không thua, đã thua không thể không chạy, đã chạy không thể không ra Bắc. Song, trước khi muốn xét ra những cái nguyên do này vì đâu, tôi tưởng chúng ta hãy nên nhìn biết cái tâm tích của cụ Phan một chút đã, vì cụ trước kia vốn là người chủ hoà kia, thế sao về sau lại trở ra một người khác hẳn: liều gan ra mặt chống cự với người Pháp tới cùng? Thật vậy, cụ là người hiểu biết thời thế, không phải như hạng nhà nho hủ lậu cố chấp ở đồng thời, đại khái như Võ Phạm Khải là tác giả bài luận "Biện di" chẳng hạn. Ta xem hồi năm 1877, cụ là một thầy cử nhân vô kinh thi Đình, chính vua Tự Đức ra đầu bài thi Đình đối, có đoạn hỏi về thiên hạ đại thế như vầy: “Các nước Thái tây họ làm thế nào mà nước họ mỗi ngày một thêm hưng vượng phú cường?" Tới một đoạn khác, ngài hỏi về quốc gia đại sự lúc bấy giờ: “Nước Phú-lãng-sa vốn là một nước trọng tín nghĩa, cho nên đem trả lại ta bốn tỉnh Bắc kỳ mà An Nghiệp (Francis Garnier) đã lấy hồi năm 1873, còn sáu tỉnh trong Nam kỳ, phải chi Phú-lãng-sa cũng đem trả nốt cho ta, rồi hai nước lại giao hảo buôn bán với nhau không hay hơn ư? Nhưng vì lẽ gì nước Phú-lãng-sa vẫn lần khân chưa chịu trả lại, và nay nếu như nước ta muốn thâu phục 6 tỉnh Nam kỳ lại thì nên làm thế nào? Trong bài Đình đối của Phan viết hồi đó, đã bàn xa xét rộng về nguyên nhân cường thịnh của các nước Thái tây, vì họ vốn có thông minh vụ thực, lại biết trọng khoa học thực tế, cho nên nhất thiết việc gì cũng xét cho cạn lẽ, làm cho tới nơi, không chịu hồ đồ biếng nhác như mình. Cụ lại đem nước Nhật Bản ở phương Đông mình ra làm chứng; vì Nhật sớm biết duy tân tự cường, thành ra họ có cơ chắc chắn một mai sánh vai nối gót được với các nước Âu châu.
Ta nên biết hồi cụ Phan nói đây, Nhật Bản đã bắt đầu công cuộc duy tân được mười năm rồi.
Xem vậy, thì ra đang lúc sĩ phu nước nhà còn đang say mê chìm đắm ở giữa cái nguồn học vấn từ chương hủ lậu cố chấp, mà cụ Phan đã hiểu biết đại khái về tình thế thiên hạ như thế, đâu phải là người không thức thời? Còn câu hỏi thứ hai thì cụ trả lời rằng: "Sự thế Bắc kỳ và Nam kỳ khác nhau. Người Phú-lãng-sa phải trả bốn tỉnh Bắc kỳ, vì tự họ đã trái với điều ước mà lấy bướng của ta. Còn như sáu tỉnh Nam kỳ thì đã có điều ước triều đình ký nhường cho họ, cho nên họ còn lần khân kiếm cớ mà không trả, là vì có hai lẽ: một là để cho vững vàng hoà ước ở giữa hai quốc gia, vì nước Phú-lãng-sa cùng ta, tuy có tình cũ nghĩa xưa mặc lòng, nhưng mà ngày nay họ băng qua muôn ngàn dặm tới đây, buổi đầu chưa tin được tấm lòng ta chân giả thế nào, thành ra họ còn phải giữ lấy đất đai đã nhường, để cho mạnh cái thế lực địa vị của họ, và để làm căn cứ cho cuộc hoà với ta. Hai là sáu tỉnh đàng trong vốn là nơi đất ruộng tốt, thóc lúa nhiều, hèn chi họ có lòng ham tiếc không trả. Nay muốn thâu phục lại, thì điều cần trước hết xin triều đình bỏ hẳn tấm lòng ngờ vực đi. Ngày xưa Khổng Tử làm tướng nước Lỗ, mà nước Tề đem những đất ruộng đã xâm chiếm trả lại cho nước Lỗ, chỉ vì ngày lấy lòng chí thành đối đãi, khiến cho cảm động được nước Tề vậy. Thế thì sự thế nước nhà ngày nay, triều đình cũng nên lấy lòng chí thành mà đối với nước Phú-lãng-sa thử coi. Vả lại, muốn làm việc lớn, đừng thèm kể gì những sự tốn hai nho nhỏ, có vậy mới nên việc lớn được. Nếu xem trong ý người Phú-lãng-sa thiệt lòng ham lợi không buông, thì ta có cách lấy món lợi khác cho tương đương, xấp xỉ, mà xin đổi chác với họ, ví dụ như lấy thuế cửa biển trao quyền cho họ mà đổi lấy Nam kỳ, có lẽ họ chịu, hoặc là xin bồi khoản thêm nhiều cho họ, rồi trả lần hồi, cũng là một cách... Trong lúc ai nấy cũng xui vua Tự Đức lấy binh lực để thâu phục sáu tỉnh Nam kỳ, mà trái lại, cụ Phan thì hiến kế ôn hoà và có phương lược như thế, chứng tỏ ra cụ là người chịu hoà ngay từ ban đầu, vốn không có ý gì sinh sự hay là dùng binh đối với người Pháp vậy.
Đến lúc cụ làm quan ở trong trào, ông Tôn Thất Thuyết sinh sự nghịch thù chống chọi người Pháp luôn, cụ Phan cũng không phụ hoạ cản ngăn hay nói gì tới, nghĩa là cụ không muốn đứng vào phương diện ấy. Lịa như sau khi đã bị cách chức về làng ở, định lấy cái thú điền viên làm nơi chung lão, không muốn quan tâm gì đến việc đời nữa. Vì cụ biết rằng: sự mất nước là tại vua quan mình dở, dân chúng mình hèn, số phận nước mình đến lúc phải bị hành phạt, vậy thì cuộc bảo hộ là do lịch sử đã xếp đặt xong quách đi rồi, mà cũng có thiên ý khiến vậy, còn cưỡng làm gì nữa. Cưỡng, làm gì có người; cưỡng, làm gì có sức? Cụ vẫn nói với các bạn đồng tâm rằng: Phải chi hồi trước mà vua mình cũng biết thời thế, biết lo lắng về việc duy tân như vua Minh trị nước Nhật Bản kia; bọn quan lại mình đừng có ươn hèn khốn nạn quá, và lại có một số đông người thức thời chí sĩ như hạng Nguyễn Trường Tộ, cố sức duy tân biến pháp, thì làm gì đến nỗi mất nước.
Nay nước đã mất rồi, người ta trở lại đổ tội cho Nho giáo, nhưng cụ Phan nói không phải tội ở Nho giáo, mà tại nơi ta học Nho giáo không phải đường. Nho giáo gốc ở nước Tàu, mà chính nước Tàu cũng khốn đốn, ta theo nước Tàu cũng đắm đuối theo, là vì mình và Tàu chỉ ôm riết lấy Nho giáo theo phái Châu tử, cố chấp, bảo thủ quá, thành ra trì trệ mà không tiến hoá được. Đến lúc người Pháp qua lấy đất nọ phá thành kia lung tung, mà sĩ phu mình còn chưa tỉnh ngộ. Xem Nhật Bản kia, họ cũng theo Nho giáo đó chứ gì, nhưng họ được lợi hơn, vì họ biết cái học thuyết Vương Dương Minh phải tuỳ thời biến thống; cho nên đến khi tiếp xúc với Tây phương một chút, là họ động lòng tri bỉ tri kỷ mà tự cường tấn hoá ngay. Bao nhiêu triệu người chỉ vì học sai và cố chấp hủ bại, đã té nhào xuống cả rồi, dẫu mình cụ có chí nâng dậy, nhưng lấy sức đâu mà nâng cho nổi. Song le, cụ không chịu thần phục người Pháp, là vì cụ đã chịu người Pháp về võ lực mà thôi, chứ không muốn đem thân ra cho sự “thay nhà đổi chủ” nó làm luỵ được mình, dù biết là có ích ngay cho mình cũng vậy. Cụ chỉ muốn tự cao tự khiết lấy mình mà thôi. Thế sao cụ lại khởi nghĩa. Đó lại là một vấn đề khác. Ta xem như trên kia đã nói, cụ Phan thật là người có chủ kiến, và tâm tích của cụ đối với thời cuộc bấy giờ, thật là rõ ràng lắm, nhưng sau cụ khởi nghĩa là vì có hai cớ. Trước là vì có mạng vua. Sau là vì có lòng người. Cái gốc luân là dựng nước của ta ngày xưa có ba điều cốt tử: một là vua, hai là thày, ba là cha. Ba điều cốt tử ấy có nặng nhẹ trên dưới khác nhau: vua rồi mới đến thày, thày rồi mới đến cha. Vua là một bậc chí đại chí tôn, thay quyền Trời để thống trị chúng sinh muôn vật. Đã biết có Trời tất phải biết có vua. Đối với vua, hễ ai là người làm dân, cũng phải tôn sùng, vì cho rằng tấc cỏ ngọn rau, miếng cơm manh áo, đều là ơn của vua ban cho, muốn báo đáp lại cái ơn ấy, tất phải tôn vua mới được. Bởi cái quan niệm ấy, thành ra vua bảo gì tôi cũng phải nghe. Ai vâng mạng vua, thì là nghĩa sĩ, là trung thần, mọi người đều phải kính; ai trái mạng vua thì là hoạn thần là tặc tử, người nào cũng có quyền giết chết đi. Sợi giây luôn là vô thượng đó trói những người gọi là "dân" đã chặt, mà trói những người gọi là "quan" lại càng chặt hơn. Vì sao? Vì quan đối với vua, còn mắc một cái ơn nặng hơn nữa, là vua cho cơm, cho áo, cho phấn, cho son; mang cái ơn ấy, tức là mang một món nợ rất to, không thế nào trốn tránh mà không trả được. Đã được vào hạng mang nợ phấn son, cơm áo của vua, thì tất phải hiểu cái nghĩa "Vua lo, tôi nhục; vua nhục, tôi chết" cho nên hễ vua bảo tôi gì tôi cũng phải nghe, tức là để trả cái khoản nợ phấn ấy, son ấy, cơm ấy, áo ấy.
Giữa đời cụ Phan Đình Phùng, nền quân chủ nước nhà đang cao, đang thịnh, nhất ban nhân dân ai cũng thờ luân là tôn vua, cụ không được không tôn; huống chi cụ lại còn một tầng nặng hơn các người khác, là ở vào một bậc người trải mấy đời chịu ơn phấn son cơm áo của vua, vậy vua bảo điều chi phải, cụ không được không vâng mạng.
Trong khi đang ngồi xem việc đời, có người đến gọi bảo “làm!" mà người ấy lại là ông vua mất thành, mất nước, đang đội gió bụi, nhuốm tuyết sương vậy theo cái nghĩa “Vua lo, tôi nhục; vua nhục, tôi chết”, thế nào cụ cũng phải vâng. Lại còn một lẽ già hơn nữa: sao đức Hàm Nghi không chạy đi đâu, mà chạy ra hai tỉnh Quảng Bình và Hà Tĩnh, là biết hai tỉnh ấy còn chỗ nương dựa được. Sao vua Hàm Nghi không bảo ai làm, mà bảo cụ, vì biết cụ là con nhà thế thần, có đảm lược, có tài năng, có thể làm được. ơn tri ngộ nặng, lòng uỷ thác to đến thế, khiến cụ lại càng phải vâng mạng mà khởi nghĩa cần vương. Mạng vua đến, thế là cái tư tưởng chủ hoà của cụ đã biến thành ra cái tư tưởng chủ đánh rồi. Đánh được thua, chưa biết đâu, nhưng cũng là để chứng tỏ cho người ta biết rằng: dân tộc Việt Nam này có sức phản động và quyết tranh đấu tới cùng. Cụ vâng mạng vua, không phải là vâng liều đâu. Khi vua truyền lệnh cần vương, và khi cụ tâu rằng "vâng", là trong bụng đã có chủ trương lắm, đã tìm được chỗ nương dựa để làm được cái vâng ấy, đã tìm được các sức mạnh để làm nổi được cái vâng ấy rồi: chỗ nương dựa và cái sức mạnh ấy, là lòng người. Thật thế, không những vua bảo cụ khởi nghĩa mà thôi, tới dân cũng bảo cụ cứu quốc nữa. Lúc cụ truyền lệnh cần vương ra, làm rung động lòng người, cho nên nghĩa sĩ bốn phương đem quân, đem lương, đem nhiệt huyết về theo rất nhiều. Nội những hào kiệt ở trong bốn tỉnh Thanh, Nghệ, Tĩnh, Bình, trước kia tản lạc ẩn núp ở quanh trong núi đỏ rừng xanh, không có ai thống hợp, mà cũng chưa biết quy phục ai, thì bây giờ đều dạ theo cái tiếng gọi của cụ Phan mà ra, để nghe cụ chỉ huy, có cái thế mạnh như cuốn nước, như đổ mưa, làm cho lòng người sôi nổi. Lòng người đang sắp thiêm thiếp đi, nay giật mình tỉnh dậy. Cho đến những hạng già nua yếu đuối, con trẻ, đàn bà, không có sức làm gì được, thế mà nghe ba chữ tên Phan Đình Phùng cũng sinh lòng cảm động, xót thương, kính phục, khấn Trời vái Phật cho cụ được mã đáo thành công. Cho đến những bọn phò đời nịnh thế, chỉ biết mưu cuộc giàu sang vinh hiển, còn sống chết mặc ai, hễ thấy ai có bụng yêu nước thương loài, thì bảo là đồ ngu, đồ dại, sau dám đem sức châu chấu đá voi, lấy trứng chọi đá mà chết; nay thấy cụ kéo cờ khởi nghĩa lên, gió bay tới đâu, người theo tới đó, thì cúng nó là gì, bây giờ nghe nói là cụ cách mạnh cần vương, họ cũng lặn ngòi noi nước, giãi nắng dầm sương, tìm đến nơi để theo phò tá... Xem những tình trạng đó, thì biết lòng người tin phục cụ là bao nhiêu! Bao giờ cũng vậy, nước nào cũng vậy, những bực minh quân, anh chủ, nghĩa sĩ, anh hùng muốn đồ được việc lớn, trước hết phải dò xét lòng người, lấy đó làm một thứ khí giới cốt tử. Hễ đã có lòng người quy thuận rồi, thì làm gì mới có thể làm nổi. Cụ Phan Đình Phùng, đã có lòng người tin phục như thế, là đã cầm một thứ khí giới mạnh trong tay vậy, can chi chẳng làm? Nói tóm lại, vua bảo làm đi, dân bảo làm đi, cụ ở giữa, nếu trái mạng vua là người bất trung, trái lòng dân là người vô dõng. Một người vốn trọng căn bản quân thần như cụ, không khi nào chịu làm người bất trung; một người vốn nặng cái tư tưởng quốc gia như cụ, không khi nào chịu làm người vô dõng. Mạng vua đến phải cảm; lòng dân đến, lại càng không thể bỏ; huống chi cả mạng vua, cả lòng dân, như hai cái sức mạnh thiêng liêng, kéo đằng trước, đẩy đằng sau, khiến cụ nhân cảm sinh ra khí, nhân khí sinh ra dõng, bèn mạnh mẽ vâng lời vua sai, dân bảo: - Tôi là, dầu chết cũng cam tâm. Thế là cụ khởi nghĩa. Từ đó trở đi, trước kia cụ chủ hoà bao nhiêu, thì bây giờ lại chủ đánh bấy nhiêu. Nhưng vậy mà sự thế lúc ban đầu, bắt cụ phải thua. Thứ nhất là bởi chưa có đất dùng võ. Đang khi thấy thành tan, vua chạy, nước mất, ba cái thảm ấy cùng dồn đến một lúc, khiến cho cụ phải nóng ruột, cho nên khởi binh là khởi binh, chớ chưa kịp tính đến thế giữ, mà cũng chưa kịp tính đến thế đánh. Giữ, mà ở làng Đông Thái của cụ, thì giữ gì được? Phàm dụng binh, tất phải kiếm một chỗ nào hiểm yếu để đóng trại làm gốc; chỗ ấy phải có đường giao thông cho tiện để chuyển vận được quân lương và quân khí, rồi tiến lên thì có thể lấn thêm được đất, lui về có thể giữ vững gốc mình mới được. Làng Đông Thái thì bất quá cũng như những làng khác, nay đem quân đóng ở đó, gọi là hào là hố, chỉ có mấy cái ao nhỏ, gọi là thành là luỹ, chỉ có năm ba bụi tre, nếu như người Pháp đem quân về sớm một ngày nào, mà đặt súng đại bác nhắm ngay vào, đẩy cho độ mười phát, thì cụ càng sớm thua một ngày ấy, địch làm sao cho được? Huống chi, ngay đến người trong làng, bên cạnh những người biết yêu nước mà theo, lại có bao nhiêu người trở mặt mà xu thời, tự nhiên đường đất ở trong làng, và việc hành động của cụ làm sao quân Pháp lại chẳng biết. Ví bằng không vì việc đánh phá mấy làng có đạo, mà quân Pháp về giải cứu, đến nỗi cụ thua, thì chậm một hôm nữa, quân Pháp cũng về đến nơi, tức là đại đồn Đông Thái cũng đến mất. Lại sau khi mất Đông Thái rồi, mà cụ kéo quân đi đánh nay nơi này, mai nơi khác, thế là chưa có căn bản, tự nhiên đã có thế thua nằm phục ở trong đó rồi.