Lệ định, tới kỳ thuế thì dân ở địa phương nào, đem tới chỗ có quân thứ ở địa phương ấy mà nạp. Mỗi quân thứ thâu được bao nhiêu có vào sổ sách phân minh, trừ ra các khoản chi tiêu trong quân thứ mình rồi, còn thì phải đem nạp lên đại đồn. Cụ ra nghiêm lệnh cho các quân thứ, không được hà lạm, không được lược đoạt tài sản của dân, không được dung túng cho thủ hạ làm một việc gì trái phép.
Ở trong đại đồn, cách thức trữ lương như sau: đào những hầm hố to lớn ở đất cao ráo trên núi, chu vi mỗi hầm ước độ 30 trượng, trước hết dùng cây khô và cỏ khô chất đầy, đốt lửa cháy lên cốt làm cho đất chỗ ấy cứng lại như đá, rồi sau mới đỏ thóc gạo xuống đó. Trên mặt hầm đậy bằng những ván cây, lại lấy lau sậy và lá khô che phủ kín mít, khiến cho không ai biết chỗ để lương. Dẫu địch quân muốn cướp lương của nghĩa quân cũng không biết chỗ nào mà cướp. Từ núi Vụ Quang đến núi Trùng Khê, Trí Khê, cứ cách 3 dặm hoặc 5 dặm, có một chỗ trữ lương như thế. Chỗ nào có hầm trữ lúa thóc, thì cũng có trữ luôn cả những khí cụ xay lúa giã gạo. Làm như vậy để lúc nào quân lính cần dùng gạo ăn, sẵn sàng có đồ xay giã. Việc xay lúc giã gạo, có riêng một đội quân trông coi gồm những kẻ già yếu, không thể ra trận được; chức vụ của họ phải lo ứng biến gạo củi và đồ ăn cho các trại có đủ luôn luôn.
Trên núi Vụ Quang, lại có một trường chế tạo súng đạn đêm ngày. Cách thức chế tạo cũng theo như cách thức hồi trước Cao Thắng đã làm, nghĩa là chế tạo súng kiểu Pháp, còn tài liệu để dùng chế tạo cũng mua của dân làng. Chính cụ đốc thúc cho thợ làm ngày đêm không nghĩ, hễ chế tạo ra được bao nhiêu, thì phân phát đi mỗi quân thứ một ít. Song vì vật liệu mỗi ngày một hiếm hoi thiếu thốn, dân làng không lấy đâu được nhiều sắt hư, đồng cũ để cung ứng cho nghĩa quân nữa, thành ra việc đúc súng Pháp cũng bị ngăn trở và không chế tạo ra được bao nhiêu. Đã vậy mà nghĩa quân hồi này lại đông thêm nhiều, cho nên không có súng mới đủ dùng, phải dùng cả gươm giáo là đồ khí giới cũ nữa. Còn thuốc đạn, thì cụ Phan cho người tâm phúc mạo hiểm do núi Vụ Quang đi đường tắt trong núi rừng qua Lào rồi sang Xiêm mua về, nhưng cũng vì đường xa hiểm trở, mỗi lần đi lại như thế lâu lắc ngày giờ, thành ra đúc đạn, bốn phần là thuốc của ta chế ra, chỉ pha trộn vô có một phần thuốc mua bên Xiêm thôi.
Tuy vậy, nghĩa quân lúc bấy giờ đã có thanh thế mạnh và tổ chức hẳn hoi, khiến cho tướng sĩ Pháp ngó thấy, cũng phải thầm khen cái tài dùng binh của cụ Phan. Vì cụ sắp đặt quân lính có cơ ngũ, luyện tập tướng sĩ có kỷ luật, lại đến mọi việc quân lương, quân giới, nhất thiết đều dự bị có khuôn phép tử tế. Nhất là ông đại uý Gosselin viết cuốn sách “Empire d Annam” có đoạn khen ngợi Đình nguyên Phan Đình Phùng có tài kinh doanh việc quân, biết luyện tập sĩ tốt theo phép Thái tây... một chương nói về Cao Thắng trên kia, tôi đã thuật kỹ rồi.
Hình như hồi giữa năm Kỷ Sửu (1889), Tôn Thất Thuyết ở bên Tàu có viết thư sai người đem về đưa cụ Phan.

Lúc này Tôn Thất Thuyết vẫn còn sống ở Quảng Tây, chỉ vì nghe tin vua Hàm Nghi đã bị bắt rồi, thành ra ông ta ở luôn bên Tàu không về nữa. Bây giờ có người trốn sang Tàu đem hết công cuộc tổ chức nghĩa quân của cụ Phan nói rõ với Thuyết nghe, Thuyết mừng lắm, liền sai tên gia nhân trung tín là Trần Thế đem một bức thư về nước lần mò tới đại đồn Vụ Quang để diện trình cụ Phan. Trong thư, Thuyết khen tài chí của cụ và phong cụ là Bình trung tướng quân. Cái cử chỉ ấy tỏ ra Thuyết coi mình như còn làm tể tướng, vẫn có quyền hành vậy. Thuyết lại nói: hiện nay trong nước như không có triều đình, không có vua chúa, vậy thì nơi tướng quân khởi nghĩa có thể coi như nơi trung khu của nhà nước, tướng quân cứ tuỳ tiện làm việc, chọn người mà dùng, cốt giữ vững lấy đức liêm chính công bình mà lo việc lớn...
Nhân có bức thư và mấy lời Thuyết ân cần như thế, nên chi cụ Phan viết câu liễn này dán ở đại đồn, giữa Nghị sự đường:

Liêm bình khâm tướng huấn
Ưu nhục lẫm thần tâm.

Câu trên có ý tỏ mình vâng lời quan tướng Tôn Thất Thuyết khuyên răn liêm chính công bình. Còn câu dưới có ý rằng: vua lo tôi nhục, vua nhục tôi chết, nay vua Hàm Nghi đã mất nước tan nhà, uỷ thác việc lớn cho cụ, thì cụ xin sắt đá một lòng, không bao giờ dám trái, quyết làm cho kỳ thành công hay là chết mới thôi.

Dầu sau, cái khí vị nhà nho cũng vẫn còn. Tuy là hồi này chủ trương lo lắng việc võ, nhưng cụ Phan cũng không bỏ việc văn, và không quên cái thú ông dung ngâm vịnh. Thiệt là một vị nho tướng. ở giữa lúc máu sắt ngổn ngang, ngồi giữa chỗ gươm đao lạnh lùng, thế mà mỗi khi có chuyện gì sinh tình, sinh cảm, nên vịnh nên ngâm, thì vị nho tướng ta cũng cứ ngâm vịnh một cách ông dung nhàn hạ. Bởi vậy lúc này chính tay cụ viết những thư từ giao thiệp và soạn ra thi ca cũng nhiều, nhưng sau thất truyền và tản lạc đi hết. Hồi năm 1925, kẻ viết truyện này về tới những chỗ có dấu xưa tích cũ, thăm viếng thở than, và tìm đến các bậc phụ lão ở quanh núi Vụ Quang, muốn đổi bạc trăm lấy một mảnh giấy cỏn con có bút tích cụ Phan cũng không có. Còn thi ca của cụ, các bậc phụ lão cũng chỉ nhớ sót một đôi bài đọc cho mình nghe mà thôi. Mà gốc tích cũng còn có lắm chỗ đáng hoài nghi, không chắc. Tức như bài thi dưới đây, người ta nói quyết là bài cụ Phan gửi cho ông Phan Trọng Mưu, sau hồi tiếp thư của Tôn Thất Thuyết, ở bên Tàu gửi về như đã nói ở trên.
Phan Trọng Mưu là anh em đồng chí, đồng hương, lại hình như đồng tộc với cụ Phan, trước đây cũng tụ hiệp văn thần khởi nghĩa một lúc - giữa lúc chính cụ Phan đang bôn ba lưu lạc ngoài Bắc - nhưng đến khi cụ Phan ở Bắc trở về tái tạo cơ đồ thì ông Phan Trọng Mưu đã thất bại tan tành, chạy trốn ra tỉnh Nam Định, rồi Hoàng Cao Khải đem ra quy phục chính phủ Bảo hộ. Người ta nói chính hồi Phan Trọng Mưu trốn ở Nam Định thì cụ Phan gửi ra bài thi sau đây:

Phiệt duyệt ngô môn tam thế tướng,
Sơn hà cố quận tích niên binh.
Nhân tòng biệt cữu tư đồng chí,

Sự đáo thời gian quý đại danh.

Lão tướng thuỳ nhân xưng quắc thước,
Nho thần hà sách thệ thanh bình.
Bồi hồi ngũ dạ tâm thiên là
Dao hướng viên tiền tá nhất minh.
Có người dịch ra thể văn lục bát như vầy:

Ba đời khanh tướng nhà ta,
Đạo binh năm trước, sơn hà cõi xưa.
Người đồng chí, nỗi tương tư,

Trông thời thế những riêng như hổ mình.
Nhà nho khôn chước thanh bình,
Nhà tài quắc thước đã đành có ai?
Năm canh lòng những bồi hồi,
Xa xa may cũng thấu ngoài cửa viên.

Lấy là mà đoán, bài thơ này tôi nghi là của ông Phan Trọng Mưu gửi cho cụ Phan Đình Phùng mới phải. Nhưng cứ nghe bao nhiêu người truyền tụng thì bảo là của cụ Phan Đình Phùng.
Ông Phan Trọng Mưu lúc bấy giờ đã thất bại, nhưng chưa ra mặt đầu hàng, hãy còn trốn tránh một nơi, nghe tin cụ Phan quật cường tái khởi thì ông mừng cho hương quốc mà hổ thẹn cho mình ông, cho nên cứ xem ý tứ và khẩu khí trong bài thi, đáng là là ông Phan Trọng Mưu than thở với cụ Phan thì phải hơn. Nhất là câu cuối cùng: "Dao hướng viên tiền tá nhất minh" càng rõ ràng lắm. Nhưng người ta cãi lại, nói rằng điệu thi chất phác tự nhiên này chính là cụ Phan, chứ ông Trọng Mưu đặt thì rắn rỏi tài ba hơn kia.
Cùng trong hồi này, ông Tuần phủ tỉnh Hà Tĩnh là Võ Khoa, với cụ vốn có tình quen biết, lại có lòng kính trọng chí khí cụ, nhưng ông nhắm thời thế khó nỗi chuyển vần cứu vớt gì nữa, nên ông có ý khuyên cụ bãi binh quy ẩn là hơn. Có điều ông không dám nói ra, chỉ ngụ ý kín đáo bằng mấy câu thi gửi bí mật cho cụ như vầy:

Ký vô hạ vũ tô binh hoả,
An sử xuân phong kiến hổ hàn.
Kỳ vị ngô châu di nhất ái.
Thử hồi ninh phụ thử giang san.

Người ta dịch ra lục bát là:

Mùa hè không rưới lửa nồng
Gió xuân chi để lạnh lùng khắp nơi.
Châu ta còn có một người,
Lúc này bao nỡ phụ lời non sông.

Chắc cụ hiểu ý ông bạn này đã làm quan với Bảo hộ mà lại trấn hậm tỉnh Hà Tĩnh chính là quê hương và chính là địa phương cụ đang dụng võ, nên cụ đáp ý nguyên vận để tỏ ý chí quyết liệt của mình:

Bách niên tôn xã dư hoài nhiệt,
Nhất phiến cô trung tặc đảm hàn,
Kỳ ngữ đồng nhân tri dã phủ,
Sở vương thế lực bạt hà sơn?

Cũng có người dịch sẵn:

Chí ta cứu nước đang nồng,

Lòng ta trung dũng lạnh lùng địch quân

Ai về nhắn hỏi đồng nhân

Sở vương sức mạnh bạt sơn bao giờ?

Bởi ông Võ Khoa có nhắn miệng người tâm phúc đem thư, nói cho cụ Phan biết binh lực của Bảo hộ hùng cường ra thế nào, cốt để khuyên cụ đừng chống lại làm gì vô ích, nên chi cụ có câu hoạ vần dưới chót đó.

Xen vô câu chuyện, tôi muốn đem một vài bài thi ra như thế, chủ ý là để chứng tỏ khí phách tâm chí của cụ Phan lúc nào cũng cang cường quyết liệt. Ta xem cụ kinh doanh công cuộc để không thế kia, tấm lòng sắt đá bày tỏ ra khẩu khí thi văn thế nọ, đủ biết cụ ôm vững cái quyết tâm đã làm thì cứ làm, có thua cũng mặc, đến chết mới thôi, không có ai và không sức nào làm cho lui sợ mà bỏ cái quyết tâm ấy được.

Huống chi, giờ đã có căn bản hiểm yếu, có binh lực ít nhiều, thì dầu phải thua cũng còn lâu, chết được cũng còn khó.
Thật vậy, quân thế và binh lực càng ngày càng mạnh thêm, văn thân võ sĩ xa gần kéo về quy phục để vâng lời cụ tiết chế rất nhiều.

Cụ sai anh em Cao Thắng, Cao Nữu hoạt động ở phía ngoài, để lo công việc trù biện binh lương và rèn tập chỉ bảo các quân thứ. Anh em họ Cao đi, gặp binh lính Bảo hộ sai đi tuần tiễu ở đâu, tức thời đối chiến giao phong ở đó, chẳng sợ chẳng lui. Hai họ Cao đã đánh được nhiều trận rất kỳ, đến đỗi lính tập Bảo hộ biết tài can đảm thiện chiến, hễ nghe đạo quân nào là đạo quân Cao Thắng, thì họ phải dè dặt, không dám giao phong táo bạo. Cao Thắng là người kiêu dũng, tài võ nghệ, khéo dùng binh, mà xuất trận bao giờ cũng dấn mình ra trước sĩ tốt, chịu xông pha lửa đạn rất là hăng hái, ai cũng phải kinh là hổ tướng.
Còn cụ Phan thì cứ đóng yên ở trên núi Vạn Quang, bày nghĩ cơ mưu, hiệu lệnh các tướng.
Chính phủ Bảo hộ thấy phong trào văn thân của họ Phan gây nên tràn lan to lớn, bèn sai các ông Lê Kính Hạp, Phan Huy Quân, Thái Văn Trung... trước sau đến bảy ông kế chân nhau làm Tiễu phủ sứ, hiệp với lính tập và binh Pháp đi đánh dẹp, nhưng trải mấy năm biết bao tốn kém nhọc nhằn, vẫn không ăn thua gì.
Cụ Phan có tiếng là một ông "Sơn trung tể tướng". Nhân sĩ ở Thanh, Nghệ, Tĩnh, Bình, tặng cụ cái huy hiệu như thế.