Sau khi các tổ kháng chiến ở các tỉnh Mỹ Tho, Biên Hòa, Bà Rịa, Vĩnh Long bị quân Pháp bình định, kháng chiến quân Nam Kỳ tập trung lực lượng về Gò Công và tạo nơi đây thành một căn cứ kháng chiến trường kỳ chống quân xâm lược Pháp.
Quyết tâm tiêu diệt các tổ kháng chiến do Trương Định cầm đầu, Bonard xin chính phủ Pháp tăng viện 2 tiểu đoàn thủy bộ binh (A.Schreiner, sách đã dẫn, trang 249).
Ngày 17 tháng 12 dl (1862), quân kháng chiến của Trương Định bất thần tấn công đồn Rạch Tra nhưng bị quân Pháp đồn trú đẩy lui. Phía Pháp có một sĩ quan đại úy và một binh sĩ tử trận. Cùng ngày, quân kháng chiến do Nguyễn Trung Trực chỉ huy cũng tấn kích vào Bến Lức.
Ngày 18 tháng 12 dl (1862), 1,200 quân kháng chiến tấn công đồn kinh Thuộc Nhiêu nằm trong khoảng đường từ đồn Cai Lậy đi xuống Mỹ Tho. Đồn nầy do đại úy Taboulé và 50 binh sĩ Pháp đóng giữ. Theo tác giả A.Schreiner thì trong trận nầy quân kháng chiến quyết đánh chiếm đồn Thuộc Nhiêu nhưng thất bại và để lại quanh đồn hơn 200 xác chết (A.Schreiner; sách đã dẫn; trang 250).
Các cuộc tấn công đồng loạt của kháng chiến quân tiến gần sát đến vòng đai Sài Gòn, tấn công đồn Nam (đồn Thảo Câu ở Tân Thuận) nhưng bị quân đánh thuê cho Pháp do cai tổng Thế chỉ huy chận đánh ở Rạch Bàn. Tất cả những cuộc nổi dậy tấn công đồng loạt của kháng chiến quân lần nầy quy mô và táo bạo hơn những chiến dịch tấn công từ trước tới nay và mặc dù quân kháng chiến bị thiệt hại về nhân mạng khá lớn nhưng cũng gây bối rối và lo ngại cho quân xâm lược Pháp. Bonard đã phải xin thêm viện binh từ các căn cứ hải quân Pháp đóng ở Trung Quốc và ở Phi Luật Tân. Phó thủy sư đề đốc Jaurès đáp ứng ngay yêu cầu của Bonard bằng cách điều động từ căn cứ hải quân ở Thượng Hải một số pháo thủ của tiểu đoàn lính người Algérie, một tiểu đoàn khinh binh người Bắc Phi. Số quân tăng viện nầy do hai tàu chiến Sémiramis và La Renommée chuyên chở, ghé ngang qua Phi Luật Tân lấy thêm 800 lính thuộc trung đoàn 5 binh do trung tá Moscoso người Tây Ban Nha chỉ huy.
Ngày 7 tháng 1 dl năm 1863, Pháp bắt đầu đặt những cơ sở cho một nền hành chánh dân sự trong các vùng đất chiếm đóng bằng cách lập ra đội ngũ thanh tra đặc trách các vấn đề của người dân bản xứ (dân chúng của Đại Nam). Thành phần nhân sự đội ngũ nầy là những viên chức cũ hiện đang nắm giữ nhiệm vụ hành chánh cai trị và được phân chia thành 3 hạng ngạch.
Để đáp ứng với sự gia tăng về các dịch vụ bưu chính trong lãnh vực thương mãi và trong dân chúng, chính quyền Pháp ở Sài Gòn đã ký sắc luật thành lập Sở Bưu Chính Sài Gòn vào ngày 13 tháng 1 dl năm 1863.
Sau khi được tăng viện, ngày 7 tháng 2 dl năm 1863, Bonard thông cáo lời kêu gọi kháng chiến quân ngưng chiến. Ngày 11 tháng 2 dl năm quân Pháp treo giá ban thưởng cho bất cứ ai giết được các đầu lãnh kháng chiến quân.
Ngày 16 tháng 2 dl / 1863, Bonard đích thân xuống Gò Công phối trí các lực lượng quân sự của Pháp để chuẩn bị chiến dịch bình định truy kích quân kháng chiến.