Các cuộc xâm lăng Trung Hoa thường đến từ phương Bắc do những giống dân nhỏ hơn so với người Trung Hoa. Các giống dân xâm lăng khi vào Trung Hoa đều mang một tâm trạng sợ hãi biển người Trung Hoa. Từ các rợ Kim, rợ Hồ, đến người Mông Cổ và Mãn Thanh và ngay cả người Nhật, đều mang cùng một mặc cảm bất ổn trước khối người Trung Hoa đông đảo, và tất cả đều dùng phương pháp khủng bố để tạo sự kinh hoàng thần phục của người Trung Hoa. Do đó lý do chính của vụ hãm hiếp có tổ chức của người Nhật tại Nam Kinh cũng không ngoài mục đích tạo sự khủng khíếp cho người Trung Hoa trước người Nhật, để không dám kháng cự lại, và để người Nhật có thể lật đổ Tưởng Giới Thạch và đưa lên một lãnh tụ bù nhìn khác sẵn sang chấp nhận sự chiếm đóng của quân Nhật. Tuy nhiên kết quả không như ý người Nhật muốn. Trái lại vụ hãm hiếp và tàn sát tại Nam Kinh bỗng trở thành một luồng sóng căm thù sôi sục dâng lên tràn khắp Trung Hoa, từ Bắc xuống Nam, từ Đông sang Tây, dù phần lớn Trung Hoa đã nằm dưới sự thống trị của người Nhật. Chưa bao giờ người Trung Hoa quyết tâm giải phóng đất nước khỏi tay người Nhật, kẻ tử thù bất cộng đái thiên, như là sau vụ tàn sát và hãm hiếp tại Nam Kinh.
Phổ Nghi không hề nghe biết gì về vụ hãm hiếp và tàn sát tại Nam Kinh. Mối bất mãn quan trọng đầu tiên của Phổ Nghi với người Nhật là việc bổ nhiệm tân thủ tướng thay thế Trịnh Thiếu Tự, nhưng vụ giết Linh Thắng là biến cố đầu tiên khiến Phổ Nghi tỉnh giấc mộng hoàng đế. Linh Thắng là con của một cựu thần nhà Thanh làm đốc quân tại Mông Cổ. Linh Thắng cũng từng là cố vấn cho Trương Tác Lâm, và trở thành tỉnh trưởng một tỉnh tại Mãn Châu. Mùa xuân năm 1936 Linh Thắng bị quân Nhật bắt giam.
Theo Yoshioka thì Linh Thắng bị bắt vì đã tham gia vào các phong trào chống Nhật và chống Mãn Châu Quốc. Nhưng thực ra Linh Thắng bị bắt là vì trong một phiên họp của các tỉnh trưởng Mãn Châu, Linh Thắng đã than phiền Quân Đoàn Quan Đông và Itagaki không thực hiện những lời hứa tại Lữ Thuận sẽ công nhận Mãn Châu Quốc như là một quốc gia độc lập. Linh Thắng còn nói các tỉnh trưởng người Mãn Châu không có một chút quyền hành gì cả.
Phổ Nghi rất lấy làm khó xử. Em gái của Phổ Nghi vừa mới hứa hôn với con trai Linh Thắng. Phổ Nghi đang định thảo luận với Quân Đoàn Quan Đông về nội vụ thì tư lệnh Quân Đoàn tới gặp Phổ Nghi, và nói với Phổ Nghi, “Chúng tôi mới khám phá được một vụ phạm pháp của một người quen biết với Hoàng Thượng. Đó là tỉnh trưởng Tân An, Linh Thắng. Hắn đã liên kết với ngoại bang để tổ chức một cuộc nổi dậy chống lại Nhật Bản. Tòa án quân sự đã xác nhận tội trạng của hắn chống lại Nhật Bản và Mãn Châu Quốc, và đã tuyên án tử hình.”
Phổ Nghi kinh ngạc nhắc lại, “Tử hình?”
“Phải, tử hình. Đây là một sự cảnh cáo. Giết một người chúng tôi sẽ cảnh cáo được hàng trăm người khác.”
Sau khi viên tư lệnh ra về rồi, Yoshioka khuyên Phổ Nghi nên hủy bỏ hôn nhân của em gái với con trai của Linh Thắng, và Phổ Nghi phải nghe theo ngay. Linh Thắng bị chặt đầu cùng với một số thân quyến. Đây là lần đầu tiên người Nhật xử tử một viên chức Mãn Châu cao cấp. Phổ Nghi không tin Linh Thắng phản bội lại Mãn Châu và nhận thức rằng người Nhật cũng có thể đối xử với mình như đã đối xử với Linh Thắng, nhất là lời nói của viên tự lệnh: “sát nhất nhân vạn nhân cụ” càng khiến Phổ Nghi biết rõ thân phận của mình hơn. Người Nhật chỉ muốn những người tuyệt đối trung thành như tân thủ tướng Trương Thanh Hải. Trong một buổi họp chính phủ, Trương Thanh Hải đã tuyên bố, “Nhật Bản và Mãn Châu giống như hai con chuồn chuồn buộc chung vào cùng một sợi giây. Mãn Châu rộng hàng ngàn dặm vuông, nhưng người Mãn Châu vô học và ngu dốt. Nếu người Nhật đến vùng đất hoang vu này và dạy người Mãn Châu các phương pháp tối tân thì cả hai bên đều có lợi.”

Khi người Nhật đòi hỏi Mãn Châu cung cấp lúa gạo với giá rẻ, Trương Thanh Hải bào chữa cho người Nhật: “Các binh sĩ của hoàng gia Nhật đã phải hy sinh mạng sống, còn người Mãn Châu chúng ta chỉ phải trả bằng lúa gạo thôi thì thực là công bằng quá.” Tư lệnh Nhật luôn luôn khen ngợi Trươnh Thanh Hải là một thủ tướng tốt và là người biết làm tăng tình thân hữu Nhật và Mãn Châu.
Sau vụ Linh Thắng, Phổ Nghi còn buồn phiền về hoàng thân Đức. Hoàng thân Đức là một hoàng thân Mông Cổ và điều hành chính quyền Nội Mông Tự Trị. Khi Phổ Nghi còn sống tại Thiên Tân, hoàng thân Đức thường gửi tặng Phổ Nghi những con ngựa Mông Cổ rất quý, và bày tỏ lòng trung thành với Phổ Nghi bằng nhiều cách khác. Khi đến thăm Phổ Nghi tại Tân Kinh, hoàng thân Đức đã than phiền rằng người Nhật quá mạnh và quá nhiều tham vọng. Phổ Nghi cố gắng an ủi ông ta. Nhưng ngày hôm sau, Đại Tá Yoshioka đến thăm Phổ Nghi với bộ mặt nghiêm trọng và hỏi Phổ Nghi, “Hôm qua Hoàng thượng bàn luận gì với hoàng thân Đức?”
Nhận thấy có điều không hay, Phổ Nghi cho biết chỉ nói những chuyện không quan trọng. Yoshioka nghiêm mặt nói, “Những điều Hoàng Thượng nói hôm qua chứng tỏ Hoàng Thượng bất mãn với người Nhật, phải không?”
Phổ Nghi hoảng hốt và chỉ biết phủ nhận, “Đó chỉ là những điều bịa đặt của hoàng thân Đức.” Tuy Yoshioka bỏ qua không nhắc tới chuyện ấy nữa, nhưng Phổ Nghi cũng rất lo ngại và thường tự hỏi làm sao người Nhật biết được những gì Phổ Nghi nói với hoàng thân Đức. Phổ Nghi cho rằng chỉ có hai lý do, hoặc người Nhật đặt những dụng cụ nghe lén trong nhà, hoặc chính hoàng thân Đức phản bội làm tai mắt cho người Nhật. Phổ Nghi dùng nhiều thời giờ lục soát tìm kiếm trong hoàng cung xem có dụng cụ nghe lén của người Nhật không, nhưng chẳng tìm thấy gì cả và kết luận rằng chính hoàng thân Đức đã làm tay sai cho Nhật phản bội lại mình. Từ biến cố này và vụ giết Linh Thắng, Phổ Nghi biết rằng không nên thảo luận thành thực về các vấn đề chính trị với bất cứ ai ngoài gia đình. Từ đó Phổ Nghi rất dè dặt nói chuyện với những người đến thăm hoàng cung. Quân Đoàn Quan Đông cũng ra lệnh cho Yoshioka phải hiện diện trong các buổi tiếp khách của Phổ Nghi.
Quân Đoàn Quan Đông đưa ra một văn kiện mới, đòi hỏi rằng nếu Phổ Nghi có con trai thì đứa con đó phải đưa sang Nhật để nuôi dưỡng và huấn luyện, khi đứa nhỏ ấy được năm tuổi. Khi cuộc Trung Nhật chiến tranh xảy ra và quân Nhật chiếm được Bắc Kinh rồi thì nhiều cựu thần nhà Thanh hy vọng Phổ Nghi sẽ được trở lại Cấm Thành, nhưng Phổ Nghi bây giờ đã biết rõ thân phận mình. Phổ Nghi biết rằng người Nhật chỉ lợi dụng mình trong một thời gian. Bây giờ mối quan tâm của Phổ Nghi không còn là ngai vàng nhà Thanh nữa, mà chỉ lo lắng tránh không bị người Nhật giết. Bây giờ Phồ Nghi rất nghi ngại Yasunori Yoshioka, người cố vấn Nhật Bản có nhiệm vụ theo dõi mọi hành động của Phổ Nghi.
Yoshioka là một người thấp lùn để ria mép. Trên danh nghĩa, Yoshioka là cố vấn cho Phổ Nghi, nhưng thực ra hắn là người truyền cho Phổ Nghi những mệnh lệnh từ Quân Đoàn Quan Đông, bắt Phổ Nghi phải thi hành. Kể từ năm 1935 cho tới lúc Nhật Bản đầu hàng năm 1945, Yoshioka lúc nào cũng ở bên cạnh Phổ Nghi. Trong thời gian này Yoshioka quyết định cho Phổ Nghi được tiếp kiến ai, phải nói gì, ngay cả những nụ cười hoặc gật đầu của Phổ Nghi cũng phải được Yoshioka chấp thuận trước. Theo lệnh của Yoshioka, Phổ Nghi đã phải ký các văn kiện chấp nhận tiếng Nhật là quốc ngữ tại Mãn Châu.
Khi quân Nhật mở cuộc chiến đại quy mô tại Trung Hoa năm 1937 và đòi Mãn Châu phải cung cấp gạo cho binh sĩ Nhật, thì Phổ Nghi phải đọc một lời kêu gọi do Yoshioka đã viết sẵn, thúc giục dân chúng Mãn Châu phải “phải chăm chỉ thực hiện nhiệm vụ hỗ trợ cuộc thánh chiến” của người Nhật, và yêu cầu người Mãn Châu tham chiến bên cạnh người Nhật, và phải “sống chết với Nhật và đoàn kết để đập tan sức mạnh của Anh và Mỹ.” Bất cứ khi nào quân Nhật chiếm được một thành phố lớn của Trung Hoa, Yoshioka thường bắt Phổ Nghi đứng dậy cùng hắn, hướng về phía thành phố ấy, và kính cẩn cúi đầu xuống để tỏ lòng thành kính với những binh sĩ Nhật đã bỏ mình trong trận đánh ấy. Người Nhật xây một Đền Lập Quốc và hàng tháng Phổ Nghi phải ra đài này châm hương, vái lạy và cầu nguyện cho chiến thắng của người Nhật.
Trước cuộc Trung-Nhật chiến tranh, người Nhật không để tâm kiểm soát các vấn đề cá nhân hoặc trong gia đình của Phổ Nghi. Trước đó gia quyến của Phổ Nghi được tự do từ Trung Hoa lên Mãn Châu tham dự sinh nhật của Phổ Nghi, nhưng sau năm 1937, người Nhật chỉ hạn chế một số người được tới Tân Kinh. Hơn thế nữa, các thân bằng quyến thuộc khi gặp Phổ Nghi chỉ được cúi đầu chào chứ không được phép nói chuyện với Phổ Nghi. Tất cả những thư từ gửi tới cho Phổ Nghi đều bị văn phòng của Yoshioka đọc trước, và quyết định thư nào Phổ Nghi được đọc. Quân Đoàn Quan Đông biết rằng Phổ Nghi không chống lại người Nhật hoặc Mãn Châu Quốc, nhưng lại sợ rằng Phổ Nghi có thể liên lạc với các cựu thần bên trong Vạn Lý Trường Thành để phục hồi lại nhà Thanh, và đó là điều người Nhật phản đối.
Năm 1935 Phổ Nghi viếng thăm Nhật Bản và được bà thái hậu Nhật tặng cho vài bài thơ. Yoshioka nói với Phổ Nghi, “Thái hậu Nhật Bản tương đương với mẫu hậu của Hoàng thượng, và tôi rất lấy làm vinh dự vì tôi coi tôi như là người thân của Hoàng Thượng.” Nhưng đến năm 1936, Yoshioka nói với Phổ Nghi, “Nhật Bản tương đương với thân phụ của Hoàng Thượng, Quân Đoàn Quan Đông đại diện Nhật Bản, và như vậy tư lệnh quân đoàn là thân phụ của Hoàng Thượng, và tôi là đại diện của Quân Đoàn Quan Đông.” Phổ Nghi vẫn nhẫn nhục trước những lời hỗn xược của Yoshioka.
Không những Quân Đoàn Quan Đông đè nén Phổ Nghi về chính trị, mà còn cưỡng ép Phổ Nghi phải theo tôn giáo Shinto của người Nhật nữa. Năm 1940, Phổ Nghi đến viếng thăm Nhật lần thứ hai và đã đến viếng các đền thờ Shinto của người Nhật như là một tín đồ Nhật Bản nhiệt thành nhất. Theo lệnh của Quân Đoàn Quan Đông, Phổ Nghi đã nói với Nhật Hoàng ước muốn được thờ Thái Dương Thần Nữ để thắt chặt sự thống nhất tâm trí và đạo đức giữa Nhật Bản và Mãn Châu Quốc. Hirohito giật mình trước lời yêu cầu của Phổ Nghi và nói, “Nếu đó là ý muốn của Hoàng Thượng thì tôi xin lĩnh ý.”
Sau đó Hirohito đưa cho Phổ Nghi ba bảo vật của đạo, tượng trưng cho Thái Dương Thần Nữ: một cây kiếm, một chiếc gương bằng đồng và một tấm ngọc cong. Sáu năm sau khi bị Đồng Minh thẩm vấn, Phổ Nghi đã khai, “Khi Nhật Hoàng giải thích cho tôi, tôi tưởng tôi đang ở trong một tiệm bán đồ cổ. Các vật này có thực là linh thiêng không? Có phải ba vật này biểu tượng cho tổ tiên mới của tôi không? Trên đường trở về tôi đã ôm mặt khóc.”
Phổ Nghi bao giờ cũng coi việc tàn phá lăng tẩm của các tiên đế nhà Thanh là một kinh nghiệm đau đớn nhất trong đời. Phổ Nghi vốn rất sùng đạo Phật, nay phải theo đạo Shinto nên lúc nào cũng mang mặc cảm phản bội tổ tiên, dù rằng Phổ Nghi phải làm những việc bất như ý chỉ vì mục đích khôi phục lại nhà Thanh. Phổ Nghi hy vọng linh hồn của tổ tiên hiểu ý định kín đáo của Phổ Nghi, và tha thứ và bảo vệ cho Phổ Nghi. Phổ Nghi vẫn âm thầm thờ phụng tổ tiên một cách bí mât và chỉ công nhận tổ tiên Nhật Bản mới tại nơi công cộng thôi.
Quân Đoàn Quan Đông xây một đền thờ Thái Dương Thần Nữ ngay trong sân của hoàng cung và Phổ Nghi hàng ngày cầu nguyện tại đền này cho phúc lợi của cả hai dân tộc Nhật Bản và Mãn Châu. Ðền thờ Thái Dương Thần Nữ xuất hiện khắp nơi tại Mãn Châu, và bất cứ người Mãn Châu nào đi ngang qua đền thờ cũng phải cúi gập người và vái lậy, nếu không sẽ bị hiến binh Nhật đánh đập. Bị thất bại mọi mặt và thế giới thần linh sụp đổ, Phổ Nghi chỉ còn một con đường trốn tránh duy nhất là quay vào đời sống nội tâm. Càng ngày Phổ Nghi càng tin theo đạo Phật, học thuộc kinh sách và cung kính lễ Phật hàng ngày trong hoàng cung. Bây giờ Phổ Nghi không ăn thịt nữa vì Ðức Phật cấm sát sinh. Phổ Nghi tuân theo lời dạy của Ðức Phật một cách quá đáng khi ra lệnh cho quân hầu không được đánh chết ruồi mà chỉ xua đuổi đi thôi, nhưng trái lại mỗi khi Phổ Nghi thấy ruồi trong đồ ăn thì lập tức trừng phạt đầu bếp. Khi trông thấy một con mèo bắt được một con chuột, Phổ Nghi vội vàng sai quân hầu phải xua đuổi làm sao cho con mèo phải nhả con chuột ra cho được mới thôi.

Phổ Nghi trở nên dị đoan và tìm người giảng các lời sấm, lời tiên tri. Bây giờ Phổ Nghi không còn tin ai nữa và sợ chết hơn bao giờ hết. Người Nhật đã làm Phổ Nghi hoảng kinh đến mất tinh thần. Các thuộc hạ lo sợ rằng khi bị áp chế quá đáng, Phổ Nghi có thể đi đến tự tử hoặc nổi khùng chống lại người Nhật. Nhưng Phổ Nghi không đủ can đảm tự tử mà cũng không chống lại người Nhật, trái lại càng ngày Phổ Nghi càng thu gọn người lại, và các cơn ác mộng đến với Phổ Nghi nhiều hơn. Một hôm Phổ Nghi bước ra ngoài vườn và trông thấy một hàng chữ bằng phấn: “Hoàng Thượng đã đủ nhục chưa?” Phổ Nghi kinh sợ người Nhật trông thấy hàng chữ này nên vội lấy khăn lau đi ngay.
Hàng ngày Yoshioka thường vào Hoàng cung của Phổ Nghi. Ðôi khi hắn ở lâu hơn, nhưng nhiều khi hắn chỉ ở lại chừng mười phút rồi ra về, và chỉ năm phút sau hắn lại quay trở lại, lấy cớ quên nói với Phổ Nghi điều này điều nọ. Thực ra Yoshioka dùng những chuyến viếng thăm chớp nhoáng và có thể xẩy ra bất cứ lúc nào để dễ dò xét Phổ Nghi. Lâu dần Phổ Nghi phải cố tránh những trường hợp có thể khiến Yoshioka nghi ngờ. Ngay khi nghe tin Yoshioka tới, bao giờ Phổ Nghi cũng lập tức chạy ra gặp Yoshioka ngay, không dám để Yoshioka chờ đợi và nghi ngờ đang làm điều gì bí mật, dù lúc đó Phổ Nghi đang dùng cơm cũng phải bỏ chén đũa bước ra ngay. Chưa có một ông vua bù nhìn nào tủi nhục bằng Phổ Nghi của Mãn Châu Quốc. Càng ngày Phổ Nghi càng tỉnh hẳn giấc mộng làm hoàng đế trong tay người Nhật. Mối lo lắng chính yếu của Phổ Nghi bây giờ là làm sao không để bị người Nhật nghi ngờ, vì nếu bị người Nhật nghi ngờ  thì không thể nào tránh khỏi cái chết. Cũng vì thế, mỗi khi nhận được đồ ăn do người Nhật tặng, Phổ Nghi bao giờ cũng cho người khác ăn trước xem có bị bỏ thuốc độc hay không.
Khi cuộc chiến có vẻ bất lợi cho người Nhật thì Tưởng Giới Thạch nghĩ rằng Phổ Nghi có thể đóng một vai trò có lợi cho Trung Hoa, giúp Trung Hoa đoạt được chủ quyền trên lãnh thổ Mãn Châu nên Tưởng kêu gọi Phổ Nghi và Uông Tinh Vệ trên báo chí hãy quay về với tổ quốc:
“Nếu những kẻ phản quốc quay trở về với tổ quốc thì chúng ta sẽ tha thứ cho quá khứ của họ và cho phép họ được cải tạo. Nếu Phổ Nghi và Uông Tinh Vệ từ bỏ người Nhật và phục vụ tổ quốc sau này, thì chúng ta lại cho phép họ được là công dân Trung Hoa, và còn cho họ được tự do hoạt động chính trị.”
Phổ Nghi là một người ốm yếu bạc nhược, nhưng trong suốt cuộc đời, bao giờ Phổ Nghi cũng được coi là một công dụng chính trị nhờ sinh vào một hoàn cảnh đặc biệt. Thân phận Phổ Nghi như một cánh bèo trôi trên dòng nước xoáy của thời cuộc và lúc nào cũng có một cánh tay vươn ra vớt lấy để lợi dụng cho quyền lợi chính trị của họ. Nhật Bản và Tưởng Giới Thạch đều nhận thấy sự ích lợi của con bài Phổ Nghi nếu muốn chiếm được Mãn Châu. Sau này lá bài Phổ Nghi lại một lần nữa sáng giá và được cả Nga Sô và Trung Cộng chiếu cố. Người Mãn Châu là một giống dân miền núi, rất khó nắm được lòng  trung thành của họ. Nếu Trung Hoa làm phiền họ, thì chỉ lẩn vào núi là họ có thể nghiêng về Nga sô. Sau này chính Chu Ân Lai là người đã trông thấy giá trị của Phổ Nghi với chính sách “Người Mãn Châu Cuối Cùng.”