Ngày 15, quân Minh đại bại, ta chém hơn 5 vạn thủ cấp giặc, bắt sống bọn Thôi Tụ, Hoàng Phúc và hơn 3 vạn tên, thu được vũ khí, ngựa chiến, vàng bạc, vải lụa nhiều không kể xiết1530 . Còn những kẻ chạy trốn thì trong khoảng không đến 5 ngày đều bị bọn chăn trâu kiếm củi bắt gấn hết, không sót tên nào. Bấy giờ Tổng binh Vân Nam là Kiềm quốc công Mộc Thạnh cùng với bọn Phạm Văn Xảo, Lê Khả, Lê Trung, Lê Khuyển cầm cự nhau ở Lê Hoa. Vua lệiu tính rằng Mộc Thạnh tuổi đã già, từng trải việc đời đã nhiều, lại biết tiếng vua từ trước, nhất định còn đợi xem Liễu Thăng thành bại ra sao chứ không nhẹ dạ tiến quân, bèn gởi thư mật, bảo bọn Khả, Khuyển cứ đặt mai phục chờ đợi, chớ giao chiến vội. Đến khi quân Liễu Thăng đã bị thua, vua sai lấy [42a] 1 tên chỉ huy và 3 tên thiên hộ của giặc mà ta bắt được, cùng những sắc thư, phù ấn của Liễu Thăng đưa đến chỗ quân Mộc Thạnh. Bọn Thạnh trông thấy rất hoảng sợ, trong phút chốc quân hắn tan vỡ tháo chạy. Bọn Văn Xảo và Khả thừa thắng tung quân ra đánh, phá tan quân giặc ở Lãnh Câu1531 và Đan Xá1532 , chém hơn 1 vạn thủ cấp, bắt sống hơn 1 nghìn tên và hơn 1 nghìn con ngựa, còn bị chết đuối ở khu vực thì nhiều không kể xiết. Mộc Thạnh thì chỉ còn một mình một ngựa tháo chạy. Ta thu được chiến khí, của cải, xe cộ nhiều hơn hẳn thành Xương Giang. Sai thông sự Đặng Hiếu Lộc giải Thôi Tụ, Hoàng Phúc và tù binh bắt được cùng là song hổ phù và ấn bạc hai tầng của Chinh lỗ tướng quân1533 , chiến khí, cờ trống, sổ quân... bảo cho thành Đông Đô biết. Bấy giờ quân Minh trông thấy khí giới thu được ở thành Xương Giang đưa tới, lại nghe tin hai đạo quân cứu viện và hai thành Đông Quan1534 và Chí Linh đều đã mất, nhưng trong lòng còn nghi [42b] hoặc chưa tin hẳn, vẫn đóng cửa thành cố thủ. Đến đây thấy ta bắt được bọn Phúc, Tụ, thì sợ hết vía, không dám hành động gì nữa. Hạ lệnh cho các tướng sĩ sửa soạn rào gỗ, chiến khí để vây thành Đông Quan. Mùa đông, tháng 11, hạ lệnh các tướng hiệu dâng kế sách bàn về những việc đương thời, nếu có ích thì được ban thưởng hậu. Kiểm tra xe đánh thành và mang chiến khí của các quân. Tổng binh Vương Thông và nội quan Sơn Thọ nhà Minh sai viên thiên hộ họ Hạ mang thư đến giảng hoà, xin mở cho đường về. Vua chấp nhận, lại gởi tặng thổ sản và hải sản. Sai bọn Đại tướng Nguyễn Lôi mang thư dụ hàng hai thành Cổ Lộng và Tây Đô. Sai bọn Chủ thư thị sử Trần Hồ đi chiêu dụ châu Ninh Viễn (sau đổi là châu Phục Lễ, nay là phủ An Tây). Phụ đạo châu ấy là Đèo Cát Hãn đem binh tướng theo về. Ban hành tiền mới đúc (tức là đúc vào năm Thiên Khánh)1535 . Thưởng chiến công ở cửa thành Đông Quan. Bấy giờ có viên Phán đại lý [43a] chính họ Trần (không rõ tên) tâu với vua là vì tính ngông cuồng nhiều bệnh, xin được thôi việc để xuất gia. Vua y cho, nhưng còn an ủi, muốn đền công lao. Trần vội cắt tóc, vào từ tạ mà đi, từng đến ở chùa Cổ Lãm, huyện Thanh Oai, sau không biết là đi đâu. Quan quân vây thành gấp, quân Minh nhiều lần đánh đều thua. Bọn đi kiếm củi chăn ngựa đều bị ta bắt. VƯơng Thông tuy xin giảng hòa, nhưng vẫn do dự chưa quyết. Các quân ta đắp lũy, Vương Thông lo sợ, đem hết quân ra đánh. Quan quân đặt mai phục rồi giả vờ thua chạy. Quân Minh đuổi theo, quân phục xông ra đánh, phá tan quân giặc. Thông ngã ngựa suýt nữa bị bắt. Quân ta đuổi đến cửa Nam thành, đắp lũy phía ngoài để chẹn giặc. Vua lại thân đốc suất các tướng dắp lũy từ phường Yên Hoa1536 đến tận cửa Bắc thành, chỉ trong một đêm là xong. Vua đã cho quân Minh giảng hòa, hạ lệnh cho Bắc Giang, Lạng Giang sửa cầu đắp đường, lại hạ lệnh cho các [43b] lộ chuẩn bị thuyền ghe, buồm chèo đưa tới quân doanh giao cho chúng về nước.
Vua dụ các tướng hiệu, quan nhân 6 điều là: 1- Kẻ làm tôi con phải trung thành thờ vua, không được làm điều dối trá. 2- Ở với mọi người phải cho ngay thẳng, không được làm điều gian phi. 3- Khi ra trận đánh giặc có bắt được tù binh, chém được giặc không được cướp công của nhau. 4- Có kẻ nào gian ác, phi pháp ở trong quân, trong dân thì phải bắt giữ để trị tội, mà các ngươi cũng phải lấy đó làm gương răn, chớ để tội đến thân mình. 5-Các quan thị vệ chớ cậy mình được yêu quý mà ngược đãi, bắt nạt mọi người. 6- Khi làm việc, lúc lập công, phải tự mình làm gương trước, để mọi người dưới trông vào bắt chước. Ngày 22, vua cùng với Tổng binh quan nhà Minh Thái tử thái bảo Thành Sơn hầu Vương Thông, Tham tướng hữu đô đốc Mã Anh, Thái giám Sơn Thọ, Mã Kỳ Vinh Xương bá Trần [44a] Tứ, Anh Bình bá Lý An, Đô đốc Phương Chính, chưởng Đô ty sự đô đốc thiêm sự Trần Tuấn, Đô chỉ huy thiêm sự Trần Hựu, giaám sát ngự sử Chu Kỳ Hậu, Cấp sự trung Quách Vĩnh Thanh, Hữu bố chính sứ Dặc Khiêm, Hữu tham chính Lục Quảng Bình, TẢ tham chính Hồng Binh Lương, Lục Trinh, Án sát sứ Dương Thì Tập, Thiêm sự Quách Đoan, hội thề ở phía nam thành. Họ hẹn đến ngày 12 tháng 12 thì đem quân về nước và sai người đem tờ trình xin trả lại đất đai cho ta. Bấy giờ bọn Thông ở trong thành đã quẫn bách lắm rồi, chỉ còn trông cây vào viện binh, thì viện binh lại bị ta đánh bại, cho nên phải giảng hòa, xin rút quân về nước. Khi ấy, các tướng sĩ và người nước ta, khổ vì bọn giặc tàn ngược đã lâu, rủ nhau cố xin với vua rằng giặc nhiều mánh khoé biến trá, phải dùng quân mà đánh thắng chúng, khuyên vua hãy giết chúng đi. Chỉ có Hành khiển Nguyễn Trãi tham mưu ở nơi màn trướng, đã xem thư bọc sáp của Thông ]gởi về nước] nói rằng: [44b] "Chớ vì một góc đất đai nhỏ nhoi mà bao phen làm nhọc quân đi muôn dặm. Giả sử dùng tới số quân như lần đánh ban đầu1537 , có được 6, 7, 8 viên đại tướng... như bọn Trương Phụ thì mới có thể đánh được. Nhưng dẫu có đánh được cũng không thể nào giữ được". Nên Trãi biết rất rõ chổ mạnh yếu của giặc, mới chủ trương hoà nghị. Vua nghe theo. Bèn lệnh cho các quân giải vây và rút ra. Bấy giờ quân Minh cho Sơn Thọ, MÃ Kỳ ra dinh Bồ Đề làm con tin với vua.Vua cũng sai Tư đồ Tư Tề và Lê Nhân Chú vào than2h Đông Quan làm con tin với quân Minh. Cuối cùng hòa ước đã thành. Trước đây, vua cho Lê Quốc Trịnh và Lê Như Tỳ đi làm con tin. Đến đây, vì muốn cho Sơn Thọ và Mã Kỳ tới hội, cho nên sai Tư Tề và Nhân Chú cùng đi. Trước đó vua sai Nguyễn Trãi soạn thư cầu phong, sai người dâng biểu của Cảo xin lập làm [45a] dòng dõi họ Trần, chuyển tới Quảng Tây và Vân Nam nhà Minh mỗi nơi một bản. Kiềm quốc công Mộc Thạnh nhận được thư, lập tức chạy tâu về kinh, vua Minh nhận được biểu, ra dụ cho các quan văn võ rằng: "Những người bàn không hiểu ý nghĩa của việc ngừng can qua, hẳn cho rằng làm thế là không có uy vũ1538 . Nhưng nếu dân được yên thì trẫm có kể gì lời bàn của người khác". Rồi sai bọn Công bộ thượng thư La Nhữ Kính, Từ Vĩnh Đạt mang chiếu sắc phong Trần Cảo làm An Nam Quốc Vương, bãi quân nam chinh. Sắc thư viết: "Gần đây các quan biên ải đem thư tử tâu lên, thấy trình bày rất khẩn thiết, có điều hợp ý với trẫm, đáng được đại xá, không kể là tội lớn hay tội nhỏ, đều cho được sửa đổi duy tân". Và bảo vua kể rõ tên các con cháu nhà Trần hiện còn sống, tâu lên để sai sứ sang sách phong. Triều cống thì vẫn theo lệ cũ năm Hồng Vũ. Thành Sơn hầu Vương Thông không đợi lệnh mà đem quân về trước, vì bị vua đánh gấp, [45b] còn thư từ qua lại lời lẽ rất thành khẩn, đều là do Trãi vâng lệnh soạn thảo cả. Sai Đồng tri Nguyễn Mẫn, Đội trưởng Nguyễn Lôi mang thư đến hai thành Tây Đô và Cổ Lộng ra lệnh giải vây, vì hai thành này chưa hạ được. Bọn hương hộ1539 người địa phương là Vương Manh đem vợ con 39 người tới dâng đoạn tấm và hương quý. Bấy giờ đối với nguỵ quan, thổ quân và các hộ đãi vàng, tìm hương liệu trong thành, Vương Thông cho họ được tự nguyện về phương Bắc hay ở lại nước Nam theo ý của mình. Nhưng người muốn ở lại thì nhiều, muốn xin đi thì ít. Ngày 29, sai sứ sang trình bày với nhà Minh. Trước đó, vua đã lập Trần Cảo. Hồi tháng 8, đã sai sứ sang cầu phong. Đế đây, lấy Hàn lâm đãi chế Lê Thiếu Dĩnh (người làng Khả Mộ, nay là Mộ Trạch, huyện Đường An), Chủ thư sứ Lê Cảnh Quang đều làm Thẩm hình viện sứ. Quốc tử bác [46a] sĩ Lê Đức Huy, Kim ngô vị tướng quân Đặng Hiếu Lộc làm Thẩm hình viện phó sứ (bốn người này đều là đầu mục), nội lệnh sử Đặng Lục và Lê Trạc, Vũ vệ tướng quân Đỗ Lãnh và Trần Nghiễm đều làm An phủ sứ (bốn người này đều là tòng nhân) đem tờ biểu và phương vật (hai pho tượng người bằng vàng thay cho mình, một chiéc lư hương bạc, một đôi bình hoa bạc, 300 tấm lụa thổ, 14 đôi ngà voi, 20 lọ xông hương áo, 2 vạn nén hương, 24 khối trầm hương và tốc hương) cùng với bọn chỉ huy do Vương Thông sai về, đều lên đường đưa về [Yên] Kinh. Đồng thời, đưa cả chiếc song hổ phù và quả ấn bạc hai tầng của Quan tổng binh An Viễn hầu, nguyên lĩnh Chinh lỗ phó tướng quân, 13.578 quân nhân, 280 viên sĩ quan, 2.137 viên quan lại, 13.180 tên quân cờ, 1.200 con ngựa tốt, [46b] lập bản danh sách đầy đủ, đưa sang Yên Kinh để trần tình và xin phong Trần Cảo là Quốc vương. Sau khi sai bọn Lê Thiếu Dĩnh sang cầu phong, tất cả bọn ngụy quan và lương dân bị cưỡng bức đi theo ở trong thành Đông Quan, vua đều sai đưa về cả. Tháng 12, ngày 12, Vương Thông nhà Minh sai quân bộ qua sông Lô đi trước, quân thủy theo sau. Bấy giờ các tướng sĩ và người nước ta rất căm thù quân Minh đã giết hại cha con, thân thích họ, liền rủ nhau tới khuyên vua giết bọn chúng đi. Vua dụ rằng: "Trả thù báo oán là thường tình của mọi người, nhưng không thích giết người là bản tâm của bậc nhân đức. Vả lại, người ta đã hàng, mà mình lại giết thì là điềm xấu không gì lớn bằng. Nếu cốt để hả nỗi căm giận trong chốc lát mà mang tiếng với muôn đời là giết kẻ đã hàng, thì chi bằng tha mạng sống cho ức vạn người, để dập tắt mối chiến tranh cho đời sau, sử xanh ghi chép [47a] tiếng thơm muôn đời, há chẳng lớn lao sao?". Bèn hạ lệnh: Cánh đường thủy, cấp 500 chiếc thuyền, cho Phương Chính, Mã Kỳ lãnh nhận. Cánh đường bộ, cấp lương thảo, cho Sơn Thọ, Hoàng Phúc lãnh nhận. Còn hơn 2 vạn người bị bắt hoặc đầu hàng và 2 vạn con ngựa thì do Mã Anh lãnh nhận. Chinh man tướng quân Trần Tuấn đem quân trấn thủ đi theo. Tất cả đều tới dinh Bồ Đề lạy tạ mà về. Bọn Phương Chính vừa xúc động vừa hổ thẹn đến rơi nước mắt. Ngày 17, Vương Thông nhà Minh dẫn quân bộ đi sau. Thông cùng vua nói chuyện từ biệt suốt đêm rồi đi. Vua sai đưa trâu rượu, cờ thêu, trướng vẽ cùng các lễ vật tiễn chân rất hậu. Quân thủy, bộ của ba thành Tây Đô, Cổ Lộng, Chí Linh cùng lục tục rút tiếp. Từ đây, việc binh đao dập tắt, khắp thiên hạ thái bình.